衣原体感染引起的疾患，其中对泌尿系统的感染常被称为非淋菌性尿道炎（nongonococcal urethritis，NGU）。在非淋的病原体检测中，沙眼衣原体的发现率占到了40%-60%。
女性感染衣原体不限于尿道，可累及整个泌尿生殖器官，此类感染常因缺乏自觉症状或症状轻微而忽视了治疗，造成传染源而扩散，形成危害。
女性衣原体感染比男性感染引起的症侯要多，其主要感染部位为宫颈，由此垂直感染给新生儿，以至发生PID等，其后遗症多导致不孕症。
无症状感染（缺乏症状反应）：由于本病缺乏自觉症状，则局部病象便成为诊断的一个重要指标，表现为阴道有脓样分泌物，亦可为粘液或浆液性。分泌物量较多（为中等量），稍有臭味。阴道粘膜为正常颜色，但常伴有宫颈糜烂。
衣原体性宫颈炎：当伴发宫颈炎时、宫颈发红，有浆液或脓性分泌物增加、阴道内糜烂扩大，易于出血等症状。镜检下阴道分泌物的所谓“阴道清洁度”多为III度以上。沙眼衣原体主要侵犯宫颈的柱状上皮细胞，而磷状上皮细胞常不被侵犯，故阴道，宫颈局部没有改变。
宫颈炎的主要症状是白带增多，不时出血及小腹部疼痛等一般症状，无特异性表现，多因其性伴患有尿道炎而来院就诊。
衣原体性输卵管炎，本症多由宫颈炎并发引起。用腹腔镜直接从输卵管抽吸物标本中，约30%以上检测出衣原体，病情经过多数较轻、下腹部可有轻微疼痛，一般体温不高，但血沉稍快。由于这种非典型经过，使病人拖延就医，往往引起子宫附件损害，形成输卵管炎的后遗症，其最主要表现是输卵管性不孕症。
盆腔炎（PID）：PID不是固定疾患的用语，凡在盆腔内感染症，如宫内感染，输卵管炎等附件炎症波及盆腔腹膜特定的部位感染均可称之为PID，由CT引起的PID主要是由宫颈炎上行感染所致。其主要表现是急腹症型。
部分患者可导致宫外孕、流产、不孕、死胎及新生儿死亡。有些病人除不孕外，可无任何症状。也可通过产道传染，引起婴儿眼结膜炎、鼻炎、中耳炎、肺炎及阴道炎等。
支原体感染的实验室诊断主要是支原体的培养和血清学鉴定，目前主要采用基因诊断。
1、支原体培养：
a、采集标本，一般为泌尿生殖试子或刷片，少数取前列腺液，精液、关节液，或取输卵管，直肠活检物，近年来用初段尿标本离心物，以取代尿道拭子。拭子取材时，将拭子插入男性尿道2-4cm，用力擦取。该方法容易造成尿道损伤及继发感染。用时须慎重。女性则需先清洁宫颈鳞状与柱状上皮结合部，用细胞刷收集宫颈标本，能增加感染细胞的数量，较棉拭子敏感性高。
b、常用培养基为牛心浸液或蛋白胨，并含1%新鲜酵母浸液，10-20%动物血清及0.5%氯化钠，还可加葡萄糖和精氨酸以促进MH和MG生长，加入尿素以供UU代谢，适量加青霉素抑制杂菌。
2、血清学鉴定法：最常用的是琼脂扩散法，即将支原体接种到琼脂皿上。然后再用浸过适量血清的滤纸放到琼脂表面，观察哪一种能抑制支原体生长。也可用琼脂表面的菌落作荧光抗体染色法，用落射荧光显微镜观察，此法的优点是可以利用最初生长在琼脂表面上的菌落而不必将支原体传代。
血清学诊断试验：酶联免疫吸附试验（ELISA）敏感性高：微量免疫荧光法（MIF）具有快速特点。
3、基因诊断：利用DNA探针对支原体诊断其敏感性稍差，但特异性高，用聚合酶链反应（PCR），敏感性、特异性均高。具体检测方面如下：
（1）标本处理
1、取材部位为子宫颈管，男性为尿道，将灭菌白金耳深入宫颈管或尿道1cm左右，转动数圈，停留约30s，取出后置标本缓冲液中。
2、解脲脲原体DNA提取：
将宫颈管内或尿道内刮取物置含0.5%NP-40、0.5%Tween20，1%SDS和2mg/ml蛋白酶K的TES缓冲液（50mmol /L Tris-HCl，50mmol/L NaCl，100mmol/ L EDTA，pH 8.0），置37℃裂解60 min，沸水5min，酚，氯仿抽提DNA乙醇沉淀，沉淀物溶于20μl TE缓冲液（100mmol/L Tris-HCl，1mmol/L EDTA，pH 8.0）。
