呼吸机的消毒应先彻底清洗，尤其是接触病人的呼出气体部分，如管道、加温湿化器和呼气阀等（部分呼吸机带细菌过滤器），可先用清洗剂冲洗，将其中的分泌物、痰痂、血渍和其他残留物彻底清除，然后消毒，再冲洗晾干备用。
整个消毒处理过程中要避免物品的再次污染。消毒时各种连接部件应脱开，以达到充分消毒的目的。以化学消毒剂消毒后的呼吸机管路应用蒸馏水清洗，建议不用自来水，以免造成不必要的污染。
消毒是对呼吸机的管道回路而言，将冲洗干净的管路浸泡30～60min，再洗去消毒液。具体步骤如下：
1、清洁时勿使液体进入呼吸机内部。
2、触摸屏面用湿润纱布檫拭，消毒后套上机罩防尘。
3、空气过滤网，其具体清洁方法为：将过滤网从机器中取出，用清水洗净表面尘埃后，晾干后放回原位。一般每48-72小时清洁1次，防灰尘堆积造成细菌繁殖，无需常规消毒。
4、传感器为呼吸机的特殊电子零件，只能用75%的酒精浸泡消毒并即刻取出，不能用水冲洗也不能用消毒液浸泡，以免损坏其性能，取出后自然晾干，切忌用力甩干或烘干。
5、湿化器的电器加温部分和温控传感器探头的金属部分用清洁的软湿擦布轻轻擦净，不能用消毒液以免影响加热功能和降低其感温的准确性。
6、呼吸机吸入和呼出端过滤器用75%的酒精檫拭消毒，吸入端禁浸泡消毒。
7、呼吸机外壳的清洁：呼吸机外壳可用湿润纱布轻轻擦净。
8、管道、螺纹管、模拟肺、呼吸囊、湿化器等物品的消毒：湿化器过滤纸弃去，所有物品用清水将污垢、分泌物等洗净，若不冲洗干净则难以达到彻底消毒的目的，然后用1600mg/L氯消净浸泡30-60min后再用灭菌蒸馏水将消毒液冲洗干净晾干装机备用，各个开口端用纱布包住防尘。消毒时全部物品需浸入消毒液中，有套管和轴节的物品必须脱开，以免消毒后粘着。管路不应有死弯，中空物品腔内不应有气泡。连续使用过程中24h更换消毒一次。
