衣原体肺炎的治疗原则与一般肺炎的治疗原则大致相同。
1、一般治疗
注意加强护理和休息，保持室内空气新鲜，并保持适当室温及湿度。保持呼吸道通畅，经常翻身更换体位。烦躁不安可加重缺氧，故可给适量的镇静药物。供给热量丰富并含有丰富维生素、易于消化吸收的食物及充足水分。
2、抗生素治疗
（1）大球内酯类抗生素
①红霉素：衣原体肺炎的抗生素应首选红霉素，用量为50mg/（kg·d），分3～4次口服连用2周。重症或不能口服者，可静脉给药。眼泪中红霉素可达有效浓度，还可清除鼻咽部沙眼衣原体，可预防沙眼衣原体肺炎的发生。
②罗红霉素或罗力得：用量为5～8mg/（kg·d），分2次于早晚餐前服用，连用2周。如在第1疗程后仍有咳嗽和疲乏，可用第2疗程。
③阿奇霉素（sumamed）：是一种氮环内脂类抗生素，结构与大环内脂类抗生素相似。口服吸收很好，最高血清浓度为0.4mg/L。能迅速分布于各组织和器官。对衣原体作用强。治疗结束后，药物可维持在治疗水平5～7d。t1/2为12～14h，每日口服1次，疗程短。以药物原型经胆汁排泄。与抗酸药物的给药时间至少间隔2h。尚未发现与茶碱类、口服抗凝血药、卡马西平、苯妥英钠、地高辛等有相互作用。儿童（体重10kg以上）第一天每次10mg/kg，以后4d每天每次5mg/kg，1次顿服，其抗菌作用至少维持10天。
④甲红霉素（clarithromycin）：在体外对肺炎衣原体内脂类药物治疗肺炎衣原体感染与红霉素同样有效。
（2）磺胺异噁唑（SIZ）用量为50～70mg/（kg·d），分2～4次口服，可用于治疗沙眼衣原体肺炎。
3、支持治疗
对病情较重、病程较长、体弱或营养不良者应输鲜血或血浆，或应用丙种球蛋白治疗，以提高机体抵抗力。
抗菌治疗是决定细菌性肺炎预后的关键。表1罗列急性肺炎的常见病原体以及常用选药方案，供参考。
抗感染治疗2～3天后，病情仍无改善甚或恶化，应调换抗感染药物。已有病原检查结果时，应根据药敏试验选择敏感的药物。无病原学资料可依，则应重新审视肺炎的可能病原，进行新一轮的经验性治疗。轻、中度肺炎总疗程可于症状控制如体温转为正常后3～7天结束；病情较重者为1～2周；金葡菌肺炎、免疫抑制患者肺炎，疗程宜适当延长；吸入性肺炎或肺脓肿，总疗程须数周至数月。
其他治疗应根据病情选用，如吸氧、止咳化痰、输液与抗休克等。
一、一般性治疗：
卧床休息，进易消化富蛋白质、电解质，维生素食物，注意水份的补充。高热者给予物理降温，必要时给解热药物。剧烈胸痛可予芬必得0.3g口服2次/日，或可待因片15mg口服。咳嗽剧烈给咳必清25mg或退嗽100mg口服3次/日，必要时用可待因。
二、促进排痰：
鼓励病人咳嗽、翻身，或拍背促进排痰。给于祛痰解痉药，必要时生理盐水10ml加α--糜蛋白酶5mg、地塞米松5mg及少量抗生素，雾化吸入2次/d。
三、抗生素的应用：
病源菌未明确者，可按下列经验用药。
（一）革兰阳性球菌，用青霉素，头孢唑啉，红霉素，复方新诺明。革兰阴性菌或混合感染可用头孢唑啉，阿莫西林，头孢呋辛等。病情较重选用三代头孢菌素，b内酰胺类+氨基糖甙类，复方新诺明。
（二）院内感染：轻、中度可用哌拉西林，头胞唑林加庆大霉素，头胞呋辛，头胞羟唑或头胞噻肟、头胞唑肟、环丙沙星、氧氟沙星等，也可用优立新等（β内酰胺类加酶抑制剂的抗生素）。有误吸史或胸腹大手术者，应加用甲消唑或克林霉素。金葡菌感染可用苯唑西林、耐夫西林或万古霉素。长期用激素、抗菌素者应用三代头孢菌素、泰能、环丙沙星等加用氨基糖甙类抗生素。合并霉菌感染加用氟康唑。病原菌确定后，应根据痰培养的药敏试验的结果调整抗菌药物。
四、免疫治疗：
免疫球蛋白，转移因子、胸腺肽等免疫调节剂可辅助治疗有一定帮助，绿脓杆菌抗血清，内毒素抗体尚处试验阶段。
五、并发症治疗：
合并呼吸衰竭给予氧疗及呼吸支持。有电解质紊乱、肝、肾功能损害给予相应治疗。脓胸应于引流或外科处理。
