患者常主诉不孕、痛经及盆腔疼痛而就诊。国内外报道子宫内膜异位患者的不孕率达40%左右。本症和不孕的关系，已为临床所关注，认为子宫内膜异位症是不孕的主要原因之一。因此在临床上，对主诉不孕的妇女，如果输卵管通畅、基础体温双相，子宫内膜反应良好，房事后试验正常者，应考虑有子宫内膜异位症的可能。
子宫内膜异位症发病多在生育年龄，与不孕密切相关，因此治疗的目的为治愈疾病，防止复发，促进生育。治疗方法按病变部位、范围及对生育的要求而异，一般分为药物及手术治疗。
手术对解除疼痛、促进生育功能效果较好，所以是治疗内异症的主要措施。对重症患者如病灶较大，纤维化多，粘连紧密，一般药物无效。较大卵巢内膜样囊肿，子宫肌腺病药物治疗无效者，以及药物治疗失败的病例。
手术方式如下：
保守性手术：
主要用于年青要求生育的患者，保留子宫及附件，至少保留一侧附件。主要为切除病灶，分离粘连，重建卵巢，修复组织。近几年应用显微外科手术切除异位灶，仔细缝合创面，重建盆腔腹膜，避免粘连，仔细止血，彻底冲洗，提高了手术成功率，保持手术后妊娠率为60%一80%，复发率为27%～40%。
①腹腔镜下手术，烧灼和切除术治疗内异症。腹腔镜下应用特种设计的刀、剪、钳等进行手术操作。1979年Bruhet和Tadir等为243例内异症行腹腔镜治疗，通过装有电视摄影，放大和控制设备的腹腔镜进行诊断及病灶切除，气化和分割粘连等治疗，不用缝合以减少手术后的粘连，妊娠率为69.1%，治愈率为74.7%。
国内应用腹腔镜穿刺治疗卵巢内膜异位囊肿、经腹腔镜穿刺吸出囊液，生理盐水冲洗，术后加用药物治疗、其优点为手术创伤小，如复发后再次保守手术较易成功，且穿刺对保留生殖腺具有更大把握。其缺点为穿刺术后的妊娠率低于剥出术，对多发性囊肿难以逐个穿刺，如囊肿周围粘连严重，解剖不清，宜慎重。
B超下进行卵巢内膜样囊肿穿刺术，方法同上。
剖腹保守性手术，则需开腹手术，分离粘连后行卵囊剥出术或切除术，其他如输卵管粘连松解术，圆韧带缩短及子宫悬吊术，骶前神经切断术等。目前多数学者主张保守性手术后应用药物治疗。术前给药可以缩小病灶，软化粘连，有利于手术分离及减少损伤。术后短期用药有助于消除残余小病灶，可提高手术成功率，减少复发，但可抑制排卵，月经周期恢复晚，降低保守术后的受孕率。
半保守手术：
对无生育要求或病情需要切除子宫而较年青者，尽可能行保留卵巢功能的半保守性手术。以免术后出现绝经期综合征，一般都认为半保守性手术复发率低，后遗症少。
根治性手术：
当病情严重，年龄较大，应选择根治性手术，即全子宫及双侧附件切除术，术后绝经期综合征发生率高，但无复发。
