肠易激综合征（IBS）的治疗原则都是在建立良好医患关系基础上，根据主要症状类型进行对症治疗和根据症状严重程度进行分级治疗，注意治疗措施的个体化和综合运用，包括饮食、中西药物及心理行为治疗。中西医结合的治疗策略在于发挥各自的优势。 治疗目的是消除患者顾虑，改善症状，提高生活质量。治疗过程中需注意治疗措施的个体化和综合运用。
一、一般治疗
告诉患者肠易激综合征的诊断并详细解释疾病的性质，以解除患者的顾虑和提高对治疗的信心，是治疗最重要的一步。通过详细病史询问，了解患者求医原因，进行有针对性的解释；力求发现诱发因素(如饮食因素、某些应激事件等)并设法予以祛除。在整个诊治过程中建立良好的医患关系，取得患者信任是IBS治疗的基础，轻症患者可能因此而不需要更多的进一步治疗。
二、针对主要症状的药物治疗
对IBS症状明显者，可酌情使用药物控制症状，常用药物包括：
1、止泻药
腹泻可选用洛哌丁胺或复方地芬诺酯，但注意便秘、腹胀的副反应。轻症者可选用吸附剂。
2、解痉剂
腹痛可使用抗胆碱能药物如阿托品、普鲁苯辛、东莨菪碱等，但应注意不良反应较多。相对特异性肠道平滑肌钙离子通道拮抗剂如匹维溴胺、奥替溴胺也可选用，其优点是不良反应少。
3、导泻药
便秘可使用导泻药，一般主张使用作用温和的轻泻药以减少副反应和药物依赖性。常用的有容积形成药如欧车前制剂或甲基纤维素，渗透性轻泻剂如聚乙二醇(PEG4000)、乳果糖或山梨醇。
4、胃肠动力调节药
例如曲美布汀通过三种途径调节胃肠动力紊乱：①作用于外周的阿片受体；②直接作用于胃肠道平滑肌；③影响胃肠肽类的释放。
5、促动力药
新近有报道5-HT4受体部分激动剂替加色罗对改善便秘、腹痛、腹胀有效，适用于便秘型IBS患者。
6、抗抑郁药
对腹痛症状重而上述治疗无效特别是伴有较明显精神症状者可试用。三环类抗抑郁药如阿米替林经对照研究证明对腹痛有效，但副反应大。选择性5-羟色胺再摄取抑制剂(SSRI)如盐酸氟西汀等不良反应相对较少，但起效慢(约2周以上)，疗程长(3~4个月)。抗抑郁药治疗IBS时剂量比抗抑郁症治疗量小。
三、心理行为治疗
肠易激综合征 症状严重而顽固，经一般治疗和药物治疗无效者应考虑予心理行为治疗。这些疗法包括心理治疗、认知治疗、催眠疗法、生物反馈等。
四、其他
近年有使用益生菌治疗IBS的报道，对其疗效及作用机制尚待进一步研究。
