形成巧克力卵巢囊肿的原因是因为盆腔里有异位的子宫内膜生长，这种内膜每月也有一次月经样出血，这些出血积聚在盆腔等处而成为囊肿。囊肿常是双侧性的，囊肿的内容物是月经血，其中水分被吸收、血液被浓缩成为深咖啡色、质地粘稠的糊状物，看上去很像巧克力，因此称之为“巧克力囊肿”。
痛经
内异症的临床特征为渐进性痛经，是常见而突出的特征，多为继发性，即自发生内膜异位开始，患者诉说以往月经来潮时并无疼痛，而从某一个时期开始出现痛经，可发生在月经前、月经时及月经后。有的甚至痛得“滚炕”或撞头，疼痛常随着月经周期而加重，月经结束而消失。
周期性直肠刺激症状
进行性加剧的周期性直肠刺激症状罕见于其他妇科疾病，是诊断本症最有价值的症侯。直肠、肛门、外阴部坠胀、坠痛、里急后重感和大便次数增多。当病变逐渐加重时，症状日趋明显，而经后症状消失。
周期性下腹不适
本症状的出现率高于痛经，无痛经的内异症患者常存在于本症状。出现于轻症患者，或某些病变虽较重但由于痛阈的个性差异或其他原因，不产生痛经症状而仅有经期腰酸、下腹坠胀不适感。
性交痛
当存在于阴道穹窿部异位子宫内膜结节、直肠凹陷结节或粘连，或卵巢粘连在盆底时，均可产生性交痛。阔韧带后叶病灶纤维化增生及收缩明显时，可以外源性压迫输尿管，使其狭窄阻塞，亦可能出现泌尿系统症状，严重的可发生输尿管积水或肾盂积水。
月经不调
内异症患者常有月经周期缩短、经量增多或经期延长等现象，说明患者有卵巢功能障碍表现。月经不调可作诊断参考，但在鉴别诊断中并无价值。
不孕
约有50%左右内异症患者伴有不孕，在不明原因不孕患者中，约30-40%患内异症。内异症患有不孕，常因病变造成盆腔肿块、粘连、输卵管堵塞卵泡发育不好或排卵障碍等因素引起；而 一旦怀孕则异位内膜受到抑制而萎缩，对内异症起到很好的治疗，习惯性流产病例中有部分为子宫内膜异位症所致。
巧克力囊肿主要发生在30-40岁之间的中青年妇女。主要是由于月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片因引流不畅，不能全部从阴道排出，有少量经输卵管向盆腔倒流。发生卵巢囊肿的原因至今尚不明确，环境因素、生活习惯、精神状态等都可能与卵巢囊肿的发病有关系。所以女性朋友在日常生活中要注意杜绝一些与卵巢囊肿的形成相关的生活习惯。
