尽管引起胚胎死亡的原因多种多样，但动物实验和大量临床调查仍然可以证明以下因素可能是胚胎停止发育以及自然流产的重要原因。
遗传因素
在妊娠早期发生的自然流产中，染色体异常是最常见的原因之一。大约有50%～60%的患者是由于染色体的异常而发生流产。极少数可能继续发育成胎儿，但出生后也会发生某些功能异常或合并畸形。患者一般在妊娠50～70天时发生阴道流血,可能有轻微的腹痛,B超检查会发现子宫内有一个大的空囊而没有胎芽或有胎芽没有胎心，这说明此时胚胎已经死亡。
环境因素
如过多接触某些有害的化学物质(如砷、铅、苯、甲醛、氯丁二烯、氧化乙烯等)和物理因素(如放射线、噪音及高温等)，污染严重的大气环境；室内装修污染；各种电子设备以及各种电器的辐射；滥用药物、农药超标等均可引起流产。环境因素引起的流产仅次于染色体异常,而这些因素几乎会出现在我们生活的各个角落，让我们防不胜防。
母体因素
全身性疾病：妊娠期患急性病，如高热可引起子宫收缩而致流产;细菌毒素、病毒(单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等)及支原体、衣原体通过胎盘进入胎儿血循环，使胎儿死亡而发生流产。此外，孕妇患严重贫血或心力衰竭、慢性肾炎或高血压等都可以引起流产。
生殖器官疾病：孕妇因子宫畸形(如双子宫、纵隔子宫及子宫发育不良等)、盆腔肿瘤(如子宫肌瘤等)，影响胎儿的生长发育而导致流产。宫颈内口松弛或宫颈重度裂伤，易因胎膜早破发生晚期流产。
内分泌失调：黄体功能不足可发生流产。甲状腺功能低下者，也可能因胚胎发育不良而流产。
创伤：妊娠期特别是妊娠早期时行腹部手术或妊娠中期外伤，可刺激子宫收缩而引起流产。
尽管上述的原因十分复杂，但有一条是可以肯定的，就是除遗传因素外，就是环境污染也成为胚胎死亡的最常见的原因之一。而我们的生存环境不可能在短期内得到大的改善，胚胎停止发育的情况还会不断发生。从某种意义上讲，这也是人类生存本能的一种体现，优胜劣汰永远是自然界亘古不变的法则，不要为失去的而烦恼。锻炼身体、规律生活，乐观向上，相信自己一定会有一个聪明健康的宝宝。
花茶能帮准妈妈更为舒适地度过孕期，但也有一些花草并不适合准妈妈，再加体质要对应不同花草的药理性味，尤其是有些花茶具有活血作用，会有流产的风险，孕妈妈需要特别留神。
大约70%的流产是由于染色体异常引起的,而且在以后的怀孕过程中一般不会再出现类似的问题。
“隐性流产”频频现身，其发生率高达30%-40%，由于其隐蔽性强，不少女性即使发生了也不知情。