肛瘘除有主要管道外，常同时有支管和交通支存在(支管指主管的分支，交通支指两主管或两支管间的通道)。手术时必须将管道开敞、切除，特别是高位、多发性、复杂性肛瘘，可能有较多的支管和交通支、所以要仔细寻找并予处理，否则极易复发。
一、处理好内口 肛瘘一般由原发性内口、管道和继发性外口三部组成。原发性内口大多数位于肛管后部或齿线平面的肛隐窝内，由隐窝炎或与隐窝相通的隐窝腺感染所形成。隐窝腺呈狭长管状或分支，解剖分布变化很大，一般位于粘膜下、皮下;但有时穿过直肠纵肌纤维、外括约肌各部肌间隔，或穿过内括约肌至坐骨直肠窝及直肠后间隙或隐窝腺感染后穿过肛提肌至骨盆直肠窝。因此管道常迂曲不直，往往与内口不相一致，有时不易找到原发内口，有时内口有一个以上，因此必须仔细寻找，以免肛瘘复发或创口久不愈合。
二、处理好主管和交通支 肛瘘除有主要管道外，常同时有支管和交通支存在(支管指主管的分支，交通支指两主管或两支管间的通道)。手术时必须将管道开敞、切除，特别是高位、多发性、复杂性肛瘘，可能有较多的支管和交通支、所以要仔细寻找并予处理，否则极易复发。
三、保持创口引流通畅 对浅表、低位的肛瘘，创口要求全部敞开，宽度大于深度，使肉芽由底部生长。但对深部、高位的肛瘘，切除瘘管后，使创口呈圆锥形，保持引流通畅。如术后表面创口逐渐缩小，影响引流时，可行扩创术，其目的使肉芽组织仍然从底部开始生长，这样可以保留肛门周围大片皮肤，免于切除，并可减少疤痕挛缩而造成的肛门畸形。
四、换好药 换药的目的在于防止伤口的感染，促进肉芽的新生。换药时应经常注意创口的情况，发现问题及时处理。
1、创口边缘皮肤有无内翻、黏连;
2、有无假道形成;
3、创口较深者，要经常做指诊检查，了解创口底部肉芽的生长情况;
4、有无感染及残余管道;
5、病人自觉症状与客观体
