由药物引起的胎儿损害或畸形，一般都发生在妊娠的头三个月内，特别是前八周内最为突出。因为着床后的受精卵，每个细胞都有各自的特殊功能，并开始进行分化，逐渐形成不同的组织和器官的雏形。在这个重要阶段，如果孕妇用了某些药物，一些组织和器官的细胞就会停止生长发育，而残缺不全出现畸形。其作用机理很复杂，有很多问题至今还不清楚。但多数学者认为药物导致畸胎，因素是多方面的。例如，①基因突变：人的遗传信息是由细胞染色体上的基因所携带的。基因是遗传物质，能将父母的结构和功能特征遗传给胎儿。而在胚胎分化期中，由于药物的作用，引起胚胎某些器官组织的细胞染色体基因发生突变，而酿成畸形。②染色体畸变：正常细胞中的染色体，其结构、形状、数目、位置等都是固定的，而受到药物作用后，染色体会发生缺损、断裂、倒置、错位、重复等变化，招致胎儿畸形。②蛋白质合成障碍：胚胎器官组织细胞中的核酸有两种。一种是脱氧核糖核酸；另一种是核糖核酸，它们在遗传、蛋白质和酶的合成等方面，都有极其重要的作用。若受到药物的干扰而不能正常进行时，蛋白质的合成就会发生障碍而出现畸形。④干扰细胞的有丝分裂：受精卵的分裂方式是有丝分裂，其特点是在细胞分裂的过程中出现纺锤丝。它的一端附着在染色体上，当染色体一分为二时，纺锤丝牵拉着染色体向细胞两端移动，随着细胞分裂，就把两份染色体分别带到新分裂出的细胞中去。若药物妨碍纺锤丝的形成。影响细胞的正常增殖，即会导致畸形。⑥营养、代谢失常：有些药物服用后，会引起母体内某些必要物质短缺或代谢失常，影响胚胎的正常发育生长，以致使胎儿发生畸形。所以以下药物禁止使用。
抗肿瘤药物：如马利兰(白消安)、乐疾宁(琉膘吟)、癌得星(环磷酰胺)、甲氨喋呤及苯丁酸氮芥等。
激素类药物：如可的松、强的松龙、安宫黄体酮、辜丸酮、己烯雌酚(人工合成的雌激素)和口服避孕药等。
抗癫痫药与抗惊厥药：如苯妥英钠(大仑丁)、卡马西平(痛惊宁、酰胺眯嗪)、扑痫酮及三甲双酮等。
镇静药:如安宁、利眠宁、氟哌丁苯(氟哌啶醇)及反应停等。
抗忧郁药：如丙咪嗪、苯丙胺等。
抗过敏药：如扑尔敏、安其敏、敏克静、晕海宁(乘晕宁)和苯海拉明(苯那君、可他敏)等。
放射性药物：如放射性碘(131I)等。
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