治疗结石的方法多种多样，关于结石较大的患者则可采纳手术治疗法。
手术治疗是治疗感染性肾结石的重要措施，应劝病人尽早手术，但手术治疗是有其适应症的，它包括：①反复发作肾绞痛，估量不能排出或不能融解的肾结石;小结石短期内未排出或直径0.8cm以下者，肾功能良好和无明显感染者，可采纳中西医结合内科治疗，但关于肾结石直径超过1cm者，非手术治疗则较难排出。②合并严重阻塞，严重感染危及肾实质;尿路感染与阻塞互为因果，结石在阻塞和感染的情况下增大迅速，几周内便可形成一鹿角形大结石。上述情况均应尽早手术取出结石，纠正阻塞，操控感染，有手术指征而延缓手术，术后结石复发率高，甚至失去肾功能。手术适应症还包括急性阻塞性无尿或少尿、无功能的脓肾、结石引起的癌变等情况。
近10年来，由于手术术式改良，操纵娴熟，对大的肾结石和双侧鹿角形结石，更应该尽早手术，保存和改善肾功能。目前，绝大多数复杂性肾结石手术，均能够经过广泛剥离肾窦切开取石，手术损伤小。纵使个别须要做肾切开取石，术时阻断肾蒂血管，采纳静脉注射肌苷（阻断肾蒂前10分钟、4～7分钟内静脉滴注肌苷2g，加入5%葡萄糖液40mL）或低温，可爱护肾功能。加上改良了的无萎缩性肾切开取石术式的开展，效果良好。当然，个别双侧复杂性肾石，全身情况差，估量术后难以改善肾功能和维持生命，便不能贸然施行手术。
近年来，有人提倡体外肾切开取石术，我们以为：本术式的病例极罕见，在一个有感染的肾脏切开取石作肾自体移植术，血管一致处轻易发生感染，造成术后血管意外，肾脏功能丧失，故采纳本术式应慎重。
复杂性多发性肾结石，术后残余结石高达20%。近年来，使用牛凝血酶加牛血浆凝固性肾盂切开取石术，大大降低了术后残余结石的发生率。
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