南京海鲸药业有限公司的前身为国内早期的三大鱼肝油厂之一南京市鱼肝油厂。 2011年6月海鲸药业进行了股权改造，现股东为：北京凯正生物工程发展有限责任公司、成都和惠医药科技有限公司、南京瑞尔医药有限公司。公司现有员工近100人。

　　南京海鲸药业第一大股东公司北京凯正生物工程发展有限责任公司系中国人民解放军军事医学科学院成果转化平台，2012年北京凯正生物与南京海鲸药业在南京高新区联手打造产业化基地，开启了军民融合、成果转化创新的实施，加快了自主知识产权新药成果的产业化进程。

　　现在的南京海鲸药业有限公司是集药品、医疗器械、健康食品研发、生产、销售为一体的国家高新技术企业。公司在南京高新技术开发区拥有软胶囊、滴丸、口服液、鼻喷剂、冻干线生产平台，其中软胶囊剂、滴丸、口服溶液剂、鼻喷剂等均通过了2014年新版GMP认证。公司目前是国内主要维生素生产基地之一，公司获批准生产的维生素产品有，维生素AD胶丸、维生素A胶丸、维生素D2胶丸、天然维生素E胶丸、维生素AD滴剂、鱼肝油乳等，其中软胶囊生产线为江苏地区首家。

　　公司在严格实施新版GMP管理的同时，积极进行体制上的创新，使企业的经营管理科学化、规范化、效益化;公司确立了以用户为中心、以市场为导向、以产品为龙头、以效益为目标的发展战略。