一、粪便检查
1、活滋养体检查法：常用生理盐水直接涂片法检查活动的滋养体，典型的阿米巴痢疾粪便为酱红色黏液样，有特殊的腥臭味，对急性痢疾患者的脓血便或阿米巴患者的稀便进行镜检，可见黏液中含较多聚集成团的红细胞和较少的白细胞，有时可见活动的滋养体，这些特点可与细菌性痢疾的粪便相区别，采集标本时，要求容器干净，粪样新鲜，送检越快越好，寒冷季节还要注意运送和检查时的保温。
2、包囊检查法：临床上常用碘液涂片法，该法简便易行，取一洁净的载玻片，滴加碘液1滴，再以竹签沾取少量粪样，在碘液中涂成薄片加盖玻片，然后置于显微镜下检查，鉴别细胞核的特征和数目。
二、阿米巴培养
已有多种改良的人工培养基，常用的如洛克氏液，鸡蛋清，血清培养基，营养琼脂血清盐水培养基，琼脂蛋白胨双相培养基等，但技术操作复杂，需一定设备，且阿米巴人工培养在多数亚急性或慢性病例阳性率不高，一般不宜作为阿米巴诊断的常规检查。
三、免疫诊断
近年来，国内外陆续报告了多种血清学诊断方法，其中以间接血凝（IHA），间接荧光抗体（IFAT）和酶联免疫吸附试验（ELISA）研究较多，但敏感性对各型病例不同，IHA的敏感较高，对肠阿米巴病的阳性率达98%，肠外阿米巴病的阳性率达95%，而无症状的带虫者仅10%～40%，IFAT敏感度稍逊于IHA，EALSA敏感性强，特异性高，有发展前途，其他如明胶弥散沉淀素试验，皮内试验等均有辅助诊断的价值，近年来，已有报道应用敏感的免疫学技术在粪便及脓液中检测阿米巴特异性抗原获得成功，特别是抗阿米巴单克隆抗体的应用，为免疫学技术检测宿主排泄物中病原物质提供了可靠，灵敏和抗干扰的方法。
四、血液检查
末梢血白细胞总数和分类多正常，暴发型或有继发细菌感染时，白细胞总数和中性粒细胞比例可增高，慢性患者可有轻度贫血。
五、结肠镜检查
多数病例可见大小不等的散在溃疡，其中心有渗出，边缘整齐，周围有时可见1圈红晕，溃疡之间黏膜正常，溃疡边缘部分涂片及活检可见滋养体，通过乙状结肠镜或电子结肠镜直接观察黏膜溃疡，并作组织活检或刮拭物涂片，检出率最高，据报道直肠，乙状结肠有病变的病例约占有症状患者的2/3，因此，凡情况允许的可疑患者都应争取作结肠镜检，刮拭物涂片或取活组织检查，滋养体的取材必须在溃疡的边缘，钳取后以局部稍见出血为宜，脓腔穿刺液检查应取材于脓腔壁部，才较易发现滋养体。
六、钡剂灌肠造影
可见充盈缺损及肠腔较窄，肠壁的阿米巴脓肿及肉芽肿突入肠腔，形成锯齿状阴影。