一般认为是由于肝脏外界环境中的各种有害因素（主要是化学致癌物）和体内某些致癌物的长期作用，使肝细胞<或胆管细胞等>发生过度增生，导致正常结构遭受破坏而形成的一种恶性肿瘤。根据国内外大量研究资料分析，认为其发生的原因主要有以下几种：
（1）病毒性肝炎：主要是乙型与丙型肝炎病毒感染，尤其是乙肝与乙肝病毒携带者。
（2）黄曲霉毒素（AFT）：黄曲霉毒素为最重要的致癌物质，长期食用含此毒素的食物可诱发肝癌。
（3）水源污染：饮用水质的严重污染，是肝癌发生的重要诱因之一。
（4）化学致癌物质：能引起肝癌的化学物质以亚硝基化合物为主，如亚硝胺和亚硝酰胺等。此外，农药、酒精、黄樟索等亦均能诱发肝癌。
（5）其他因素：营养过剩<大量营养京）或营养缺乏（如维生素A、维生素B缺乏）、血色病、寄生虫感染及遗传等，也是诱发肝癌的危险因素。
（6）免疫状态：有人认为肝癌患者血浆中含有一种封闭因子，能抑制细胞免疫并保护肝癌细胞不受免疫细胞杀伤。现已证明，甲胎蛋白（AFP）就饱抑制淋巴细胞和巨噬细胞的吞噬作用。
（7）基因突变：近年来，还有人认为，环境中的突变原和病毒作用激发肝细胞分裂反应途径的活化，引起细胞的点突变和基因易位，是细胞增殖的可能因素。
此外，肝癌的发生还与非血红蛋白的核蛋白对细胞周期的调控失常，以及细胞内外因素如激素、多肽、生长因子及多胺等有关。
因此，肝癌是在环境和遗传多种因素的作用下，多基因的突变和异常累积而引发的，并受环境和遗传因素双重影响。
1960年，在英国10万只火鸡几个月内突然死亡，调查发现，饲料中含有由巴西进口的花生粉，进一步调查发现巴西花生污染了含黄曲霉毒素的霉菌。这一事件的发生使人们认识到了黄曲霉毒素的致癌作用。
在我国的肝癌高发区（如江苏的启东、广西的扶绥）发现当地的粮食污染黄曲霉毒素较严重；而非洲的肝癌高发区（如乌干达），调查发现当地的粮食（如玉米等）污染黄曲霉毒素。因此，流行病学研究证据显示，粮食污染黄曲霉毒素和肝癌的发生有密切关系。
我国的科学工作者，用霉变的花生、玉米喂饲大鼠，成功地诱发了大鼠的肝癌，也进一步证实了霉变的食物可以诱发肝癌。我们食用的玉米、大豆、花生等容易被黄曲霉毒素污染，如长期食用含此毒素的食物容易发生肝癌。
粮食污染黄曲霉毒素可发生在收割、储存和加工过程中的多个环节，因此，应加强这些环节的管理，如储存的环境应该干燥、通风，储存时间不宜过长等。如发现有黄曲霉毒素污染或食物发生霉变，则不可食用。
