扁桃体的被膜是一层致密的结缔组织，它把腭扁桃体与邻近器官隔开，有阻止腭扁桃体感染扩散的屏障作用。当扁桃体不发炎时，在青少年时对身体是有积极意义的，但若总是发炎，形成“病灶”，窝葳细菌，则对人体有害而无益了。不宜切除的情况： 1、急性扁桃体炎发作时，一般不施行手术，需炎症消退后3-4周方可手术。因为此时病人一般在发烧，扁桃体充血，手术后伤口容易出血或出现继发感染。 2、在脊髓灰白质炎及流感，妇女月经期及月经前期不宜手术。 3、扁桃体手术后要靠扁桃体窝内的血管自行收缩，血液凝固止血。而各种原因造成凝血和血管弹性下降都可引起术后出血，因此有造血和凝血系统的疾病如血友病、再生障碍性贫血、白血病、紫癜等，都不宜手术。 4、在血液病，高血压，代偿机能不全的心脏病、肝炎、活动性肺结核等疾病的活动期时不宜手术。此时手术会加重病情甚至引起严重的并发症。 5、风湿热及肾炎等全身症状未控制时不宜手术。 6、病人家属中免疫球蛋白缺乏或自身免疫疾病的发病率高者。白细胞计数低于3000以下者。

摘除扁桃体要根据情况来分析。当扁桃体反复发炎、化脓时，而且反复感染成为病灶之后，可能会导致免疫球蛋白不能正常的产生，或者引起心血管，神经系统等疾病，是可以摘除扁桃体的，这种情况没有对身体有影响。如果身体很好，没有不良症状发生，是不建议摘除扁桃体的，因为扁桃体属于免疫器官，可以刺激抗体产生。

一般影响不大，扁桃体是人的一个比较重要的免疫器官，如果摘除后，咽喉部的抵抗力往往会出现一定的下降。但是扁桃体又同时可能为一个慢性病灶，存在慢性扁桃体炎或化脓性扁桃体炎的情况下，有可能继发心内膜炎及肾炎等。