最初的治疗趋向于较保守的方法，这也取决于病灶的范围。小的分散病灶可采用局部消融或手术切除进行治疗，而对于更广泛的病灶，在考虑外科治疗前，除持续密切观察外，开始时可使用咪喹莫特或5-氟尿嘧啶。
肛门癌有哪些治疗方式？
一、局部治疗
对于小病灶，局部应用二氯醋酸或三环类抗抑郁药是一种合理的选择。局部应用三环类抗抑郁药的耐受性通常良好，但偶尔可导致疼痛，三环类抗抑郁药对较年轻的患者更有效。局部使用5-氟尿嘧啶治疗一个疗程也可能有效。
二、免疫调节
对于正在接受高效抗逆转录病毒治疗的感染HIV 的 男男性行为者，一个疗程的咪喹莫特肛内自我给药可使肛管 鳞状上皮内病变获得病理学缓解。该方法可能最适合存在广泛分布的多发病灶的患者。
三、红外线凝结法
对于太大而不适合采用三环类抗抑郁药治疗的病灶，可在诊室采用红外线凝结法进行治疗。红外线凝结法治疗包括直接采用1.5秒红外线波段的脉冲，照射异型增生的肛管上皮，这可导致约1.5mm深度的组织被破坏。可能发生的与该操作有关的并发症，包括即刻和延迟出血及感染。多项研究表明，在感染和未感染HIV的个体中，红外线凝结法具有安全性和有效性。
四、肛门镜引导下的病灶消融
如果病灶太大而不适合接受诊室的局部治疗，可使用 高分辨率肛门镜对受累区域进行观察界定，以进行电烙消融。对于存在环周病灶或病灶非常广泛的患者，该治疗可能需采用多次操作分阶段进行。使用 高分辨率肛门镜可使并发症最小化。
在单次肛门镜引导下的病灶消融治疗后，初始病灶的疾病控制概率约为80%。在HIV未感染男性和HIV感染男性中，均出现了疾病复发，但只有极少数患者进展为肛管鳞状细胞癌。即使在最初被认为通过单次消融已实现完全缓解的患者中，局部复发率也较高，这要求在治疗后必须进行仔细监测。尽管如此，大部分这样的复发病灶可通过在诊室进行治疗而成功处理。
在一般人群中，肛管癌的发病率正在增加，在人类免疫缺陷病毒感染的男男性行为者中，肛管癌的发病率尤其高，因此，对该人群进行肛管细胞学筛查尤为重要，可进行高分辨率肛门镜并进行肛管直肠指检。