95%-98%血尿由泌尿系统疾病引起，在原发性肾小球疾病中，有一些是以血尿为主要临床表现的，如肾病、薄基底膜肾病、急性肾炎等。另一类血尿是其主要临床表现，如在慢性肾炎中，病例类型属弥漫性增殖性肾小球肾炎或膜增殖性肾小球肾炎的患者，临床常有血尿表现，或为镜下血尿，或为发作性肉眼血尿。在继发性肾小球疾病中，以血尿为主要临床表现的疾病是紫癜性肾炎。在遗传性肾脏疾病中，引起血尿的疾病有多囊肾。

血小板减少性紫癜、血友病、恶性组织细胞病等出血性疾病临床表现之一也常为血尿；红斑狼疮、皮肌炎、硬皮病等结缔组织病临床表现之一也常为血尿；心力衰竭、肾栓塞等心血管疾病临床表现之一也常为血尿；糖尿病肾病、甲状旁腺功能亢进症等内分泌代谢疾病临床表现之一也常为血尿。

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