小儿腹泻的鉴别一般从大便的形状、颜色、构成来判断。归纳来说，主要从两个方面来判断：即大便内含有白细胞数量的多少。
（一）大便无或偶见少量白细胞者
1、生理性腹泻
在儿科门诊中经常能遇见一些持续腹泻的宝宝，经多方治疗无效，而且在腹泻这段时间里，从不发烧，精神、食欲很好，生长发育也不受影响，检查大便常规正常，这种情况一般属于生理腹泻。这种腹泻多发生在出生后不久的小婴儿，表现为排便次数一直较多，大便的性质也总像消化不好，外观呈黄绿色稀糊便，混有未消化的食物或奶瓣，但是孩子的精神很好，没有呕吐，食欲始终很好，体重也逐日增加；因此不应认为是一种病态。这种腹泻一般不需要任何治疗，4-5个月时逐渐添加辅食后大便次数和性状就会转为正常了。有生理性腹泻的小儿，通常在摄取牛奶或鸡蛋等异性蛋白质后，甚至在日晒、风吹或衣服的摩擦后，易发生皮肤湿疹，体温升高等现象。
生理性腹泻多发生在6个月以内体型较胖的婴儿，常伴有湿疹。
2、导致小肠消化吸收功能障碍的各种疾病，如乳糖酶缺乏，葡萄糖—半乳糖吸收不良，失氯性腹泻，原发性胆酸吸收不良，过敏性腹泻等，可根据各病特点进行粪便酸度、还原糖试验等检查方法加以鉴别。
（二）大便有较多的白细胞者。
表明结肠和回肠末端有侵袭性炎症病变，常由各种侵袭性细菌感染所致，仅凭临床表现难以区别，必要时应进行大便细菌培养，细菌血清型和毒性检测，尚需与下列疾病区别：
1、细菌性痢疾：常有流行病学病史，起病急，全身症状重。便次多，量少，排脓血便伴里急后重，大便镜检有较多脓细胞、红细胞和吞噬细胞，大便细菌培养有志贺痢疾杆菌生长可确诊。
2、坏死性肠炎：中毒症状较严重，腹痛、腹胀、频繁呕吐、高热、大便暗红色糊状、渐出现典型的赤豆汤样血便，常伴休克。腹部立、卧位X线摄片呈小肠局限性充气扩张，肠间隙增宽，肠壁积气等。