新生儿便秘是由多种因素引起的，2-14岁小儿功能性便秘的发病率为3.8%，城区高于农村，女童高于男童。那么新生儿出现便秘情况如何进行检查呢？一般的检查分为以下几项：
1、肌电图
对盆底肌和肛外括约肌进行肌电图观察是评价慢性便秘的有用方法，正常人休息时盆底横纹肌的张力维持紧张状态，应用体表皮肤电极探测，全部正常小儿排便时肛外括约肌张力下降，而便秘患儿仅42%有耻骨直肠肌或肛外括约肌出现肌电活动下降。
2、直肠镜
乙状结肠镜及纤维结肠镜检查 这几种检查可直接了解肠黏膜状态，由于便秘，粪便的滞留和刺激，结肠黏膜特别是直肠黏膜常有不同程度的炎症性改变，表现为充血，水肿，血管走向模糊不清，此外，在痉挛性便秘可见到肠管的挛缩性收缩，肠腔变窄。
3、胃肠X线钡剂造影
可根据钡剂在胃肠道内运行的情况，了解结肠的运动功能状态，区分张力减退性便秘和痉挛性便秘，并可及时发现器质性病变，如先天性巨结肠，肿瘤，结核等。
4、X线排粪造影
近年来由于排粪造影（defecography）检查法的临床应用，可对肛门括约肌和肛门直肠作静态及动态观察，并可快速摄片（每秒2～4张），连续观察排粪动作全过程，发现有些便秘是由于出口有不同程度的梗阻，如直肠套叠，直肠前突，盆底肌痉挛综合征等，这些梗阻都是临床及内镜检查难以发现的，实际上不属于习惯性便秘的范畴。
5、肛管直肠测压术
肛管直肠测压术是儿科常用的一种了解直肠肛门功能障碍的技术，遇有严重便秘的患儿可用测压术确定直肠扩张时的阻力，肛管的静息紧张度，肛门随意肌收缩的强度以及病儿对直肠扩张的自我感觉，并可对肛门括约肌反射做出评价，注意必须由有经验的人员来操作，以免对结果判断错误，根据Karen对慢性便秘患儿的肛门直肠和远端结肠动力学研究，几乎全部病例都有功能异常。