1、视诊：有无肛裂、瘘口、痔脱垂、肛周炎症、血迹等。嘱患者作排便动作，有会阴下降者可见盆底以肛门为中心明显向下突出；再嘱收缩肛门，盆底支配神经严重受损者，收缩能力减弱或消失。
2、肛门指检：了解肛门括约功能，明确病变部位和性质，可提供重要依据。指检肛门括约肌紧张者多见于内括约肌失弛缓症，肛门紧张而兼疼痛者可能合并有肛裂；触及条柱状硬便及直肠明显膨大者，多见于直肠性便秘；便前检查直肠呈空虚状态，或触及粒状粪便者多见于结肠性便秘。指检时在直肠前方，耻骨联合以上若触及直肠向会阴方向突入者提示有直肠前突性便秘。
3、直肠指诊：若肛管张力增高，提示肛管附近可能有刺激性病变。如肛管不能通过一指，则肛管有器质性狭窄，常见于低位肿瘤、肛管手术后或不当的硬化剂注射后疤痕形成。部分患者直肠壶腹中可扪及坚硬粪块。若直肠中潴留大量粪便而并无便意，提示直肠无力。直肠前突患者在排便动作时，可在括约肌上、耻骨联合下方扪及袋状薄弱区。直肠内套叠患者，直肠壁松弛，指诊时直肠内有粘膜堆积的感觉，偶然也可扪及套叠之肠壁。
4、粪便检查：直肠型便秘的粪便常呈坚硬条柱状，因常有直肠粘膜继发性炎症，或排便时损伤肛门，粪便外表可见粘液或血迹；大便状如羊矢，干硬成粒多见于痉挛型便秘；结肠易激综合征的粪便多呈羊粪状，或大便烂硬交替，大便带粘液，粘液涂片，检查一般正常或仅有少量的白细胞，便秘型直肠溃疡性结肠炎，大便多有红白细胞，及粘液，但应注意与直肠肿瘤鉴别。
5、X线检查：显示消化道有无狭窄、息肉、肿瘤、扩张、肠道内憩室等造成便秘的疾病，还可以明确肠道运动功能。钡剂灌肠，特别是近年来采用的结肠低张双重造影，对发现便秘的病因，可能有帮助。
（1）排粪造影。排粪造影可显示造影剂的影像和利用荧光技术观察排便的过程、速度。此项检查目前广泛用于临床。排便造影对疑有以下病因的便秘患者具有重要价值：盆底肌协同失调（耻骨直肠肌矛盾性收缩）和直肠前突（如有经阴道直肠壁手术史）等。
（2）钡餐检查。可了解钡剂通过胃肠道的时间、小肠与结肠的功能状态。肠易激综合征常表现为结肠袋加深 ，痉挛性便秘肠腔常紧张变细呈锯齿状或铅管状；弛缓性便秘或乙状结肠冗长者，大肠变长，扩张或下垂；出口梗阻性便秘，直肠明显扩大。对疑有结肠梗阻者，口服钡剂灌肠因可加重梗阻，应视为禁忌，为了明确结肠器质性病变的性质、部位与范围，宜用钡剂灌肠。
6、内窥镜检查：包括直肠镜、乙状结肠镜、纤维（电子）结肠镜等。可以在直视或通过屏幕清楚了解肛门大肠的病变的部位、性质、范围等外，可取活体组织行病理检查以明确诊断。
（1）直肠镜检。简单实用，可直视察下观察直肠有无并发炎症、糜烂、溃疡、息肉、肿瘤、肛裂、痔瘘、狭窄、直肠粘膜有否松弛、脱垂、肠套叠等。
（2）结肠镜检查。对由结肠冗长、巨结肠、溃疡性结肠炎、克隆氐病、结肠憩室、肠结核、肿瘤、肠梗阻、放射性肠炎、结肠易激综合症等引起的便秘，有重要的诊断和鉴别诊断价值。
7、肛门镜检查：内痔、低位直肠肿块均可窥及。当直肠粘膜有充知水种、糜烂而难以用一般炎症解释时，应考虑直肠内套叠的可能性。若如有来源不明的血迹，尤为陈旧血迹，应警惕上方肿瘤的可能。