1、乙肝发病的规律及特点所致
乙肝发病的自然过程有其特定的规律性。乙肝患者多是自幼感染了乙肝病毒。由于少儿时期机体处于免疫耐受状态，多无症状且肝功正常，到了青壮年时期病毒便进入免疫活动期，此时病变活动显著且肝功异常。乙肝病毒活动期的特点是，病情呈发作——缓解——发作——缓解的规律变化，肝功时而正常，时而异常，但缓解往往是暂时的，发作是经常的。经过几年，甚至更长一段时间的活动期后，患者将有两个不同的归宿：一是病变逐渐趋于静止，不再向恶化方向发展；二是病变时休时止，肝组织纤维化程度越来越重，最终发展为肝硬化，甚至肝癌。
2、治疗不完整
有的患者使用干扰素或拉米呋啶治疗乙肝时，并没有按照正规的治疗方案进行。在使用药物期间，疗效不错，肝功正常，但在乙肝病毒指标转阴后，就擅自停药。有的是治疗的疗程不够。这样，要不了多久其肝功就会再次出现异常，导致病毒指标转阳，病情复发。使用干扰素治疗乙肝病需要半年以上，拉米呋啶治疗也需要两年以上。何时停药应该听从医生的指导，不要自作主张。
3、治标未治本
抗病毒才是治疗乙肝的根本性措施，而其他诸如保肝、降酶、降黄等方法只解决表面问题。在转氨酶升高期间，是许多患者进行抗病毒治疗的最佳时机。但由于经济或其他原因，他们只用了一些降酶药，如五味子制剂（联苯双酯等）、甘草制剂（甘利欣、强力宁等）、山豆根制剂（肝炎灵等）。虽然其转氨酶很快就正常了，但是停药后，其转氨酶很快就再次升高，从而导致病情复发。因此，治疗乙肝仅仅保肝降酶实际等于扬汤止沸，不能解决根本问题。
4、用药不当
有的乙肝患者本来只属于病毒携带者或轻度的（迁延性）肝炎患者，其病情相对稳定。
5、生活失去节律和章法
乙肝病易反复加重的另外一个原因是，有的乙肝患者生活习惯不好，长期酗酒或长期处于劳累状态；还有的患者心理素质差，当得知自己患了乙肝病后便忧心忡忡、不思饮食。这些异常的行为和生活方式，都会导致乙肝病情的反复发作。
6、自体遗传基因所致
乙肝病人数目众多，这和人口的基因易感性密不可分。有些人感染了乙肝病毒并且慢性化，以及日后演变成为肝硬化，甚至肝癌，往往还取决于自体的遗传因素。遗传基因的某个或几个片段出现的缺陷，是导致病情反复，甚至恶化的原因之一。乙肝的自然进程是由每个人的基因特点决定的，药物和其他因素的干预是无法使其逆转的。