应根据病史，结合上述症状及体征进行诊断，而不应以单纯扁桃体的大小为依据，因为随着年龄的增长，扁桃体在不断缩小，慢性扁桃体炎分为三种类型，即增生型、纤维型和隐窝型，所以扁桃体的大小并不表明其炎症程度，故不能以此作出诊断。慢性扁桃体炎是否成为某种全身性疾病的病灶，现在仍不能肯定，只能根据具体情况综合分析加以推论。
1、病史：当某种疾病发作时，常伴有急性扁桃体炎的发作，可同时发作，也可先后发作，有这种明显的相关关系，可推测两种病在病因上可能有一定关系。
2、扁桃体的局部表现：按着上面提到的慢性扁桃体炎的扁桃体表现，可确定是否有慢性扁桃体炎，但不能确定是否成为病灶。
3、试切除扁桃体：在被怀疑为病灶的扁桃体时，当病情稳定后，切除扁桃体，切除后某种全身性疾病痊愈时，则可肯定是病灶，否则此扁桃体不成为病灶，不能根据扁桃体的术后病理诊断为慢性扁桃体炎而确定是病灶。
慢性扁桃体炎的鉴别方法：
1、扁桃体生理性肥大：多见于小儿和青少年，无自觉症状，扁桃体光滑、色淡，隐窝口清洁，无分泌物潴留，与周围组织无粘连，触之柔软，无反复炎症发作病史。
2、扁桃体角化症：常易误诊为慢性扁桃体炎。角化症为扁桃体隐窝口上皮过度角化所致，而出现白色尖形砂粒样物，触之坚硬，附着牢固，不易擦拭掉，如用力擦之，则留有出血创面。类似角化物也可见于咽后壁和舌根等处。
慢性扁桃体炎的诊断方法：
1、体格检查：可见扁桃体慢性充血，扁桃体表面不平，瘢痕，与周围组织有粘连，有时可见隐窝口封闭，呈黄白色小点，其上盖有菲薄黏膜或粘连物。隐窝开口处可有脓性分泌物或干酪样分泌物，挤压时分泌物外溢。舌腭弓及咽腭弓充血，扁桃体上有脓栓或表面有瘢痕。扁桃体与周围组织有粘连；有的患者表现为扁桃体肥大增生。下颌淋巴结肿大。
2、辅助检查：慢性扁桃体炎已引起全身并发症时，血清中甲种、丙种球蛋白与黏蛋白多异常增高，而反应性蛋白检查多为阳性，抗链球菌溶血素“O”之效价增高，血沉亦多加快。通过免疫组织化学检查，氨基酸定量，血清中α2蛋白高价，对病灶性扁桃体炎有重要意义。利用电子显微镜和血清荧光抗体检查，在扁桃体组织切片中，确定出扁桃体形成的质量变化（IgG占优势），如能确定这种变化主要位于隐窝-淋巴间质内（后者在正常情况下没有这种功能），就有充分依据证明在腭扁桃体内有潜在性或活动性病灶存在。