1、可能是乙肝病毒感染后引起自身免疫性肝炎。多见于女性患者。这是由于感染乙肝病毒后，病毒改变了肝细胞膜的一些成分，使人体的免疫系统对自身的肝细胞攻击，造成了肝损伤，导致肝功能异常。

2、可能是乙肝病毒出现了变异。当乙肝病毒变异时，即使患者尽管血清HBeAg阴性，体内仍存在长期的低水平乙肝病毒DNA的复制，病情仍可不断进展。患者常伴有持续性或间歇性血清转氨酶升高，导致肝病进行性加重。

3、可能重叠感染了其它肝炎病毒，如丙肝、丁肝等。

4、其他原因。若乙肝小三阳患者饮酒、熬夜、或服用了损害肝脏的药物等，都会造成肝脏损害，引起肝功能异常。

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