一般说来，在妊娠的前3个月中用药易致畸形，因这时受精卵正处在相继分化和联合阶段，各系统尚未完全形成，易受药物的影响。妊娠4个月以上胎儿各器官已形成，药物已不再有致畸作用。除反应停外，下述药物有或可能有致畸作用，所以在头3个月中应禁用或小心使用。
抗肿瘤药如氨甲喋啶易引起流产和无脑、脑积水、腭裂等畸形，与它种抗癌药合用危险性更大。还有马利兰、苯丁酸氮芥、6一巯基嘌呤、环磷酰胺、去乙酰甲基水仙碱、癌宁、长春碱、乌拉坦及碘治疗或骨盆放射，都可引起胎儿畸形。
激素类于妊娠头3个月应用可使女性胎儿男性化；3个月后应用，可使女性胎儿生殖器暂时增大等。
抗糖尿病药。有报道甲磺丁脲和氯磺丙脲引起死胎、新生儿死亡、多发性畸形和兔唇。有人认为胰岛素也能引起畸形。抗疟药乙胺嘧啶和氯奎可致胎儿耳聋、脑积水和四肢缺陷畸形；长期大量使用奎宁可造成死胎、先天性耳聋，是否造成畸形尚有分歧。
抗惊、镇静安定药，如苯妥因钠、去氧苯巴比妥、苯巴比妥都能引起胎儿兔唇和腭裂；氯丙嗪可引起视网膜病变；氟哌啶醇可引起四肢畸形，眠尔通、安定、利眠宁也可致畸胎。
抗抑郁药丙咪嗪可引起胎儿骨畸形和兔唇；苯丙胺可致心脏缺损、大血管异位及畸形足等。
抗凝血药双香豆素和华法令致胎儿出血、死亡或鼻骨发育不全。
四环素可引起手指畸形、先天性白内障、骨生长障碍、牙釉发育不全及囱隆起或死胎。此外，经动物试验药物致畸的还有链霉素、利福平、乙硫异烟胺、TMP、磺胺类药、安眠酮、乙醇、灭滴灵、安其敏、大剂量阿斯匹林、避孕药、甲状腺素、维生素A、烟碱和偶氮染料及味精等。
为防止药物诱发畸胎，在妊娠头3个月应避免使用上述药物；对新药致畸性尚未充分了解，一般也应避免使用。
孕妇打疫苗，记住三句话
孕妇预防接种可能会危及胎儿，引起流产或早产，所以最好在未怀孕时进行接种。这主要指的是孕妇禁忌接种活疫苗，诸如水痘、风疹、麻疹、腮腺炎等病毒性减毒活疫苗，口服脊髓灰质炎疫苗以及百日咳菌苗等，孕妇都应禁用。还有，凡有流产史的孕妇，为安全起见，均不宜接受任何防疫接种。
但出门旅行或发生流行病是常有的事，因此，孕妇可在医生指导下，在适当时接受一些必要的预防接种。
狂犬病疫苗狂犬病的死亡率几乎是100%，因此，孕妇若被狗或其他动物咬伤，应注射狂犬病疫苗。
乙肝疫苗孕妇的配偶或家庭成员有乙肝表面抗原阳性及e抗原阳性者；一些因特殊需要而从事高度感染乙肝危险的工作者，孕前没有接种上乙肝疫苗，发现自己已怀孕，也应及时注射乙肝疫苗。
破伤风类毒素我国新生儿破伤风发病率较高，是威胁新生儿生命的一大杀手。孕妇接种破伤风类毒素可以预防染上破伤风。
此外，如到流行区域旅游时，也可考虑接种脑膜炎球菌菌苗、黄热病疫苗，这些疫苗所致畸胎率是极低的，但毕竟带一点危险性，所以必须由医生决定。有些疫苗如流感疫苗、霍乱疫苗对胎儿是无害的，必要时可以接种。
有学者将孕产妇接种问题概括为三句话：孕前及时接种，孕期避免接种，哺乳期慎重接种。如有特殊情况出现，准妈妈们应在当地防疫专家指导下，根据具体情况，权衡利弊，作出抉择。