化疗的近期毒副反应主要为：输注化疗药的静脉血管的损害、胃肠道损伤、骨髓抑制、肝细胞损害、肾细胞损害、心肌细胞损害、末梢神经损害、脱发、口腔炎、皮肤损害、肺纤维化改变等。
化疗的中远期毒性包括内分泌系统损害、不育不孕症、免疫功能抑制、第二种恶性疾病的发生，随所用化疗药物与联合化疗方案中的药物组成而异。部分较年轻的患者在化疗停止后至少2年，生殖功能可能恢复。
强烈化疗对免疫功能，尤其是T淋巴细胞功能的影响较长，易导致感染，带状疤疹等。
强刺激性化疗药不慎注射于皮下或漏于血管外，可引起局部皮肤肌肉组织红肿，硬结，甚至坏死，溃疡经久不愈。4～6小时内冰敷，以后局部可涂肤轻松软膏或中药金黄如意散，二黄煎温敷。
多数化疗病人有食欲减退、恶心、呕吐、腹胀痛，腹泻或便秘等反应，严重时可出现肠粘膜坏死脱落甚至肠穿孔。出现反应的时间长短不一，一般在化疗用药后3～4小时开始反应，亦有即刻出现恶心、呕吐者。多数病人第一次用药反应较重，以后逐渐减轻。化疗时病人宜进食清淡、稀软、易消化食品，少量多餐，忌油腻、高蛋白和太过刺激饮食，避免加重胃肠道负担。呕吐严重而不能进食者可输液和补充营养。
由于抗肿瘤药物对骨髓的抑制，病人常出现白细胞下降，血小板减少，多数药物还降低机体免疫机能。要注意病人的体温变化，预防继发性感染。必要时暂停化疗。病人要避免接触呼吸感染者，餐具每餐消毒，注意饮食卫生；加强口腔护理。由于血小板减少，病人常有出血倾向，注意有无牙龈出血、鼻衄、皮下紫癜等。护理工作要轻柔，避免身体撞击。视骨髓抑制严重程度可予少量多次输新鲜全血或成分输血。
化疗药如5FU大剂量应用时，常引起严重口腔粘膜反应，表现为充血、水肿、炎症、溃疡并疼痛。要保持口腔清洁，可用淡盐水嗽口，或清热解毒中药如金银花10g、野菊花10g或者连翘15g煎水嗽口。溃疡面可涂中药锡类散或冰硼散。中药汤剂可选玉女煎加减。
化疗药可引起不同程度的皮肤反应，表现为皮肤干燥，色素沉着，有时全身瘙痒，出现斑丘疹，甚至呈剥脱性皮炎。要注意皮肤的保养，需保持会阴部及腹股沟处局部清洁干燥。
部分化疗药如ADM，VP16可引起明显脱发，但停药后头发可以再生，应提前交待说明清楚，以免加重病人精神负担。
有些药物如长春花碱类（VCR，NVB）和紫杉类（Taxol）可引起神经肌肉毒性，导致病人肢端麻痹，发冷，甚至冷痛，要注意肢体保暖。
多数抗肿瘤药物由肾脏排出，其中铂类抗肿瘤药（PDD）对肾小管毒性较重，加之敏感肿瘤组织迅速崩解，产生高尿酸血症和氮质血症，均可导致肾功能损害甚至肾功能衰竭。CTX，IFO可引起出血性膀胱炎，特别是缺水的病人，不但使药物于膀胱内的浓度升高，而且使药物停留于膀胱的时间延长，加重对膀胱的刺激。因此，在应用上述药物时要准确记录每日出入量，每日入量在3000ml以上，尿量在15O0ml以上，适当碱化尿液。应用铂类的病人在治疗后和随访时应检查尿常规和肾功能（血肌酐及尿素氮）。
由于免疫功能低下，化疗后病人会容易并发感冒和各种感染及带状疮疹等。要加强锻炼，预防各类感染。
化疗时的中药治疗：
化疗引起消化道反应主要表现为：纳呆、厌油腻、食少、脘痞闷、嗳气、泛酸、口干、口苦、恶心、呕吐、腹胀、便秘或腹泻等，中医辨证主要为脾胃不和，治疗以和胃降逆，消食导滞，健脾调中为主，橘皮竹茹汤和保和丸加味。
化疗引起骨髓抑制可以表现在血白血球下降，机体抵抗力减低，容易引起感染性疾病；血小板低下出现出血性疾病或紫癜；或者引致红细胞、血色素下降出现贫血，出现头晕、心悸心慌、面色恍白、唇舌淡白、疲乏肢软等。中医辨证主要为脾虚，气血生化乏源，肾虚精不化血，或脾肾两虚，中医治疗主要以健脾生血，补肾养精，或脾肾双补为主，可选补中益气汤、归脾汤、左归丸、健脾益肾冲剂等加减。
化疗引起心肌细胞损害多表现心悸心慌、气短、眩晕、疲乏、肢软、自汗、易感冒等，中医辨证为气血亏损，中医治疗益气养血为主，可用生脉散、归脾汤等加减。
化疗引起肝功能损害主要表现在转氨酶增高，胃口差，厌油腻，腹胀，便溏等，属中医脾虚湿阻，治疗以健脾化湿为主，可选香砂六君子、参苓白术丸、藿朴夏苓汤等加减。
化疗导致肾功能损害可出现少尿或无尿，肢体肿胀，胸腹水等，中医辨证为气化不利，水湿内停。中医治疗可与温阳利水，五苓散、真武汤加减。
化疗引起末梢神经损伤导致的肢端麻痹、冷痛、酸楚不适，属中医血虚脉络痹阻，治疗上以养血通络为主，四物汤、桂枝汤、黄芪桂枝五物汤等加减。
化疗导致脱发为肾损精亏，治以补肾填精为主，六味地黄丸加制首乌、黑芝麻。