小肠淋巴瘤的治疗尚存在争议，关键是如何应用手术、化疗、放疗的综合措施。理论上讲，手术应作为治疗的主要措施，但外科治疗应根据无瘤存活率及总存活率判断，同时也要考虑局部控制率、手术死亡率等因素。
化疗多用于进展期病例，但问题是有些小肠淋巴瘤的出血或穿孔往往系化疗引起的。所以有学者认为预防性切除对保证化疗的安全性有益。外科手术也需要考虑是否引起肠瘘、吻合口漏、出血、脓肿等并发症。如发生并发症则必然延误日后化疗。手术死亡率约5% ，化疗期间肠穿孔所致的病死率更高。因为20%的小肠淋巴瘤系多发，弥漫性腹膜炎及多发穿孔所造成严重的中毒症状常难以治愈。
目前认为小肠淋巴瘤手术切除后化疗可减少复发，而放疗可补充外科手术的不足。虽然有少数学者认为进展期病例，外科手术并无太大意义，但对于低分级小肠淋巴瘤，外科手术仍是主要治疗手段。
临床上小肠淋巴瘤常与小肠癌及间质瘤难以区分，除影像学诊断原发灶表现类似外，最大区别在于小肠淋巴瘤有多发病灶或淋巴结转移灶；术中可见小肠系膜增厚或融合成团的淋巴结，肿块位于空、回肠间，尤以回肠多见；可呈红色，有小肿瘤样改变，肿块界清；可扪及肿大的系膜淋巴结。
小肠淋巴瘤的切除范围可小于小肠癌，将原发灶切除即可，因小肠系膜淋巴结有时为炎症性增生，所以不主张过多切除小肠系膜。如有淋巴结转移，也系小肠淋巴瘤自身病变所致，需日后给予化疗即可。
小肠淋巴瘤出血及穿孔是较严重的合并症，尤其发生在化疗期间，如出现出血，除观察生命体征外，还要注意出血量，如出血量较大，则应即刻手术。过多检查可能延误抢救治疗的时间，出血量少时可行保守治疗并应用止血药物。如一旦腹部平片、B超、CT及腹腔穿刺证实出现小肠穿孔，则立即行剖腹探查术。术中要仔细寻找穿孔部位，有时往往为多发性肠管穿孔，所以不要仅找到一个穿孔部位即治疗，应全面从十二指肠处探寻。