疟疾有一定的潜伏期，潜伏期因感染的疟原虫种类不同而异。恶性疟平均为12天，三日疟平均30天，间日疟和卵形疟平均14天，但间日疟有时可长达12个月以上。经输血传播的疟疾，其潜伏期的长短与血中疟原虫的数量有关，3-41天不等，一般为7-14天。疟疾临床症状通常有以下四期：
1、前驱期：头痛、全身酸痛、乏力、畏寒。
2、发冷期：手脚发冷，继而寒战、发抖、面色苍白、口唇指甲发绀。体温迅速上升、此期可持续10多分钟至2小时。
3、发热期：寒战后全身发热、头痛、口渴，体温可升至39oC或以上，有些病人可出现抽搐、此期可持续2-3小时。
4、出汗期：高热后大汗淋漓，体温迅速下降，此期可持续1小时以上。
典型的疟疾发作表现为周期性的寒战、发热和出汗退热三个连续阶段。常见并发症：贫血、脾肿大、凶险型疟疾、疟疾性肾病等。 间歇发作的周期有一定规律性，如间日疟为隔天发作一次，三日疟为隔2天发作一次。每次发作都经过寒战、高热，继之大汗热退的过程。一般较易与其他疾病相区别。但应注意在发病初期及恶性疟，其发作常不规则，使临床诊断有一定困难。疟疾反复发作后，多有贫血及脾肿大。脑型疟多在疟疾发作数日后 出现神志不清、抽搐和昏迷。如大量的红细胞在血管内溶解破坏 加之疟原虫本身及其释放的毒素造成的贫血、黄疸，甚至发生急性肾功能衰竭 成为溶血尿毒综合征，亦称黑尿热。此种情况又常为抗疟药物（如奎宁及伯氨喹）所诱发 对临床表现酷似疟疾，但多次血及骨髓检查未发现疟原虫者，可试用抗疟药作诊断性治疗 一般于24—48h后发热被控制而不再发作。
婴幼儿疟疾急性发作无定型，寒战期仅有四肢冰冷、脸色苍白、口唇紫绀。发热期虽有高热，但仍四肢冰冷。常伴有呕吐、腹泻。退热期大汗少见。贫血发展快， 脾肿大明显。但一经治疗即可迅速恢复。先天性疟疾母亲产前感染疟疾， 待新生儿生后5～6天内发病，血中可找到与母亲一样的疟原虫。病死率高。