中枢神经系统百选的检查方法为CT与MRI，两者均能对颅内或椎管内病变的部位、大小、数目等情况作出定量和定性诊断。利用MRA可替代有创性脑血管造影来诊断颅内或椎管内血管性病变；MR扩散成像可发现2小时以内的超急性脑梗死，这对患者的早期治疗和预后有着重要作用；MR脑功能成像是研究脑生理功能的一种重要手段。MRI的缺点在于不能明确钙化，对骨性结构的显示远不如CT。脑血管造影属创伤性检查方法，目前已少用于对颅内疾病的诊断，而多用于颅内血管性疾病的介入治疗。
影像学检查对中枢神经系统疾病的诊断很重要，脑瘤、颅脑外伤、脑血管疾病和脊髓疾病，常需要影学检查以确定病变的有无、位置、大小及数目和性质。诊断主要靠X线检查与CT，自从应用MRI以来，诊断的准确率又有提高。由于颅骨对透声的限制，使USG应用受限。
头部MRI检查的适应症：
脑肿瘤。多方向切层有利于定位，无骨及气体伪影。尤其在颅底后颅窝、脑干病变优势更明显。多种扫描技术结合对良、恶性肿瘤的鉴别及肿瘤的分级分期有明显的优势。
脑血管疾病。急性脑出血首选CT，主要是由于CT扫描速 比MR快；亚急性脑出血首选MRI;脑梗塞明显优于CT，发现早、不容易漏病灶，DWI（弥散加权成像）极具特异性。脑血管畸形、动静脉畸形、动脉瘤明显优于CT，我院可用TOF、PC、SWI技术对血管性病变进行三维观察。
脑白质病变。脱髓鞘疾病、变性疾病明显优于CT。如皮层下动脉硬化性脑病、多发性硬化症等。
脑外伤。脑挫伤、脑挫裂伤明显优于CT。磁共振的DWI 和SWI技术对弥漫性轴索损伤的显示有绝对优势，颅骨骨折和超急性脑出血不如CT。
感染性疾病明显优于CT，如脑脓肿、脑炎、脑结核、脑囊虫等。
脑室及蛛网膜下腔病变。如脑室内肿瘤、脑积水等。
先天性疾病。如灰质异位、巨脑回等发育畸形。
颅底、后颅凹病变优势更加明显，如垂体病变，听神经病变，脑干病变等。