发生肝昏迷的原因有以下几个方面：
1、消化道出血
肝硬化时会发生食道或胃底静脉曲张破裂出血，使门静脉血流减少，肝脏明显缺氧，则肝损加重；另一方面，血液流到肠道被细菌分解后又产生大量的氨，进入血中发生氨中毒。
2、利尿剂的应用
肝硬化腹水病人常用利尿剂，双氢克尿塞的应用可导致低钾或低钾性碱中毒，结果会增加肾静脉的含氨量，使血氨增加；另外，大剂量的利尿剂利尿，使病人血容量猛减，相对提高了血氨的浓度，这也是诱发肝昏迷的因素。
3、镇静剂与麻醉剂的应用
这类药物直接对肝、脑有毒性作用，可加重脑组织缺氧。
4、大量放腹水
可导致电解质严重紊乱，蛋白质大量丢失，或因穿刺放腹水后腹腔内压骤减，门静脉瘀血，肝内缺氧而加重肝损害。
5、摄入蛋白质食物过多
大量蛋类、肉类、乳制品等在肠内经细菌分解产生氨，进入血中使血氨升高。因为蛋白质需在肝内代谢，蛋白质摄入过多，必然加重肝脏损害，造成损伤。
6、感染
肝硬化合并腹膜炎、败血症、肺炎等疾病，可加重肝损伤，也因细菌感染，使组织分泌增强，导致氨大量增加，或因微生物毒性作用于肝脏，加重肝损害。
7、便秘
肝硬化病人排便不畅，肠内容物在肠道停留时间较长，受细菌作用，导致氨及其他有毒物质产生及吸收增加。此外，手术、分娩、流产、饮酒，以及精神因素（如抑郁、悲观、愁苦、急躁等）也可促进肝昏迷发生。
中医认为，急性肝昏迷的原因主要是湿热结痰，痰热蕴毒，毒火攻心以致内蕴，由于毒热势急，迅速耗灼气阴，因此，开始多属实热，但很快出现正虚之象。临床上可分为痰热偏盛和痰湿偏盛两类。
慢性肝昏迷多因久病体虚，气血不足，阴阳俱损，肝阴不足，血不养肝，虚风内动；另外，湿毒热邪潜伏血分，进一步发展能鼓动虚风，邪正交争，以致时而意识昏蒙、烦躁易怒、视物不清、头晕健忘、疲乏嗜卧等，且多由忧郁或过劳而致痰迷窍团、神志昏迷等。