根据国内外大量研究资料分析，认为肝癌发生的原因主要有以下几种：
（1）病毒性肝炎：
主要是乙型与丙型肝炎病毒感染，尤其是乙肝与乙肝病毒携带者，其原发性肝癌的发生率要比正常人高出2～100倍；在肝癌的高发地区，约20％的人可能是乙型肝炎或乙肝病毒携带者。
病毒性肝炎和其他脏器病毒性感染一样，都是一种能自然自愈的疾病。所谓自然自愈，说得通俗一些，即自然会康复的疾病。通常病毒性肝炎的自愈病程可分为三期：一、感染期：可持续数月至数年，为病毒侵入机体在肝细胞中复制的时期，临床上病人无任何明显的症状，一般不易被发现。
（2）黄曲霉毒素（AFT）：
以黄曲霉素B为最重要的致癌物质。适宜于高温、高湿的气候环境中生长繁殖，尤其是夏季的霉变食物及谷物、饲料等，最易被黄曲霉菌污染而产生黄曲霉毒素，长期食用含此毒素的食物可诱发肝癌。
（3）水源污染：
饮用水质的严重污染，是肝癌发生的重要诱因之一，尤其是污染的沟水，其次为河水，井水最低。故在没有自来水设施的乡村，应提倡饮用井水。
（4）化学致癌物质：
能引起肝癌的化学物质以N－亚硝基化合物为主，如亚硝胺和亚硝酰胺等。此外，农药、酒精、黄樟素等亦均能诱发肝癌。
（5）其他因素：
营养过剩（大量营养素）或营养缺乏（如维生素A、B1缺乏）、血色病、寄生虫感染及遗传等，也是诱发肝癌的危险因素。
（6）免疫状态：
有人认为肝癌患者血浆中含有一种封闭因子，能抑制细胞免疫并保护肝癌细胞不受免疫细胞杀伤。现已证明，甲胎蛋白（AFP）就能抑制淋巴细胞和巨噬细胞的吞噬作用。
（7）基因突变：
近年来，还有人认为，环境中的突变原和病毒作用激发肝细胞分裂反应途径的活化，引起细胞的点突变和基因易位，是加速癌细胞增殖的可能因素。
此外，肝癌的发生还与非血蛋白的核蛋白对细胞周期的调控失常，以及细胞内外因素如环核苷酸、激素、多肽、生长因子及多胺等有关。
