益生菌，说穿了也还是一种细菌。一听到细菌读者的反映大概都会想到“生病”。但其实有相当一部分的细菌定殖在肠道后能帮助我们的身体达到一种健康的状态，这就是益生菌的功效。不过刚出生婴儿体内是没有细菌的，从第一口母乳开始，细菌就开始“感染”肠道。
虽然益生菌的宣传铺天盖地，但大多数消费者对益生菌的认识模糊不清，目前在该领域公认的定义是：“能够定殖于宿主某一部位并发挥有益宿主健康作用的微生物”。对于酸奶中的益生菌而言，“宿主某一部位”就是我们的消化道，尤其是小肠中后部和大肠。“定殖”中的“定”即这些益生菌必须能够相当牢固地粘附在肠壁上，不会随着食物的运动和肠道蠕动被逐步排出体外，“殖”就是繁殖，益生菌必须能够适应肠道环境，不断繁殖，使自身保持一定数量。
那么酸奶中的微生物，那些才是益生菌呢？目前市场上销售的酸奶和酸乳饮料中，常见的微生物有嗜热链球菌、保加利亚乳杆菌、嗜酸乳杆菌、双歧杆菌、干酪乳杆菌、鼠李糖乳杆菌。以上几种微生物中，嗜热链球菌和保加利亚乳杆菌不是益生菌，后四种属于益生菌。
当我们喝下一份酸奶时，酸奶中的微生物遇到的第一关就是胃酸，胃液的pH在1-3左右，对嗜热链球菌来说，酸性过强，相当一部分嗜热链球菌在胃中就死亡了。到达十二指肠时，胆汁中的胆盐会杀死绝大多数保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌。这两种菌尚未抵达小肠中下部和大肠，就基本上全军覆没了，自然不能发挥明显的益生作用。对于另外四种菌，它们对胃酸和胆盐往往具有较强的耐受性，能够以相当可观的数量到达定殖部位。
益生菌保健品疗法的思路是通过摄入安全无副作用的益生菌，与有害菌竞争，成为优势菌，维持肠道菌群平衡，从而保持身体健康。有的益生菌还可以生成一些独特的细菌素，以阻止有害细菌对人体的伤害。
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