西医病因：病因迄今未明，可能与以下因素有关：
①免疫因素：多数人认为本病为一种免疫源性疾病，因多有高球蛋白血症（60％—90％），尤其是出现自身免疫抗体和循环免疫复合物及补体系统的异常。细胞免疫功能减退，并且肝内有肉芽肿形成等改变。也有人认为患者的兄弟姐妹或有血缘关系者，线粒体抗体等自身抗体的检出率比其他免疫性疾病高，故认为本病可能与免疫遗传有关。此外。患者血清中尚可出现胆管细胞抗体、平滑肌抗体、核抗体和C3分解代谢增强，结核菌素试验阳性增加，二硝基氯苯皮试无反应性，植物血凝素所致淋巴细胞转化率低于正常等。本病常与其他自身免疫性疾病，如干燥综合征、类风湿关节炎、桥本甲状腺炎、系统性红斑狼疮、CRST综合征（皮肤钙化，肢端血管痉挛，指、趾或皮肤硬化和毛细血管扩张）或CREST综合征（即CRST综合征再加食管运动障碍）等同时存在。本病与慢性宿主-移植体排斥反应（chronicgraft-versus-hostdisease，CGVHD）在临床、肝组织学与免疫学等方面有许多相似表现，提示本病与CGVHD有共同的发病基础，即变异的组织相容性抗原的免疫反应。但在本病的早期不一定有上述免疫试验的异常出现，故本病与免疫异常的因果关系尚未有满意的解释。
②病毒感染：黄疸型病毒性肝炎可引起毛细胆管炎和肝内胆汁淤积；在部分患者血清中尚可检出乙型肝炎病毒抗原（HBAg），故多年来曾怀疑为本病的病因，但缺乏病毒性肝炎特征性的组织学改变，且HBAg检出率与健康输血者并无明显差异，故认为是偶合或隐性感染。
③中毒因素：早期曾有以砷剂治疗梅毒而发生本病的报道。近年发现不少药物和毒物如氯丙嗪、甲睾酮、口服避孕药、有机砷剂等均可致肝内胆汁淤积，并可持续多年，或最后发展为胆汁性肝硬化者。但本病并无因药物与毒物引起胆淤的临床特点，故认为中毒因素仅可能为本病的促进因素。
④内分泌紊乱：本病好发于女性，推测与女性内分泌激素改变有关。此外，文献上曾有本病伴发慢性非特异性溃疡性结肠炎的报道，其发病机制不明，但提示两者可能有共同的发病免疫基础。