原发性肝细胞癌的治疗方法大致包括手术治疗（肝切除术、肝移植和姑息治疗手术）、非手术治疗（局部治疗、动脉化疗栓塞、化疗、放疗、生物治疗和分子靶向治疗）。
就目前的外科操作技术而言，肿瘤大小已不是手术的关键限制因素。能否切除和切除的疗效不仅与肿瘤大小和数目有关，还与肝脏功能、肝硬化程度、肿瘤部位、肿瘤界限、有无完整包膜及静脉癌栓等有非常密切的关系。湖南省肿瘤医院腹外科欧阳永忠
肝切除方法包括根治性切除和姑息性切除。根治性切除是指：①肿瘤数目不超过2个；②无门脉主干及一级分支、总肝管及一级分支、肝静脉主干及下腔静脉癌栓；③无肝内、外转移，完整切除肉眼所见肿瘤，切缘无残癌；④术后影像学检查未见肿瘤残存，术前甲胎蛋白（AFP）阳性者术后随访2个月内血清AFP降至正常。
肝切除术患者的一般情况（必备条件）：一般情况良好，无明显心、肺、肾等重要脏器器质性病变；肝功能正常，或仅有轻度损害（Child-Pugh A级），或肝功能分级属B级，经短期护肝治疗后恢复到A级；肝储备功能[如吲哚菁绿15分钟储留率（ICGR15）]基本在正常范围以内；无不可切除的肝外转移性肿瘤。
可行根治性肝切除的局部病变须满足下列条件：①单发肝癌，表面较光滑，周围界限较清楚或有假包膜形成，受肿瘤破坏的肝组织<30%，或受肿瘤破坏的肝组织>30%但无瘤侧肝脏明显代偿性增大达全肝组织的50%以上；②多发性肿瘤，结节<3个，且局限在肝脏的一段或一叶内。
可行姑息性肝切除的局部病变须符合下列条件：①3～5个多发性肿瘤，超越半肝范围者，行多处局限性切除；②肿瘤局限于相邻2～3个肝段或半肝内，无瘤肝组织明显代偿性增大达全肝的50%以上；③肝中央区（中叶或Ⅳ、Ⅴ、Ⅷ段）肝癌，无瘤肝组织明显代偿性增大达全肝的50%以上；④肝门部有淋巴结转移者，切除肿瘤的同时行淋巴结清扫或术后治疗；⑤周围脏器受侵犯者一并切除。
如何选择肝切除和肝移植，目前尚无统一的标准。一般认为，对于局限性肝癌，如果患者不伴有肝硬化，则应首选肝切除；如果合并肝硬化，肝功能失代偿（Child-Pugh C级），且符合移植条件，应首选肝移植；对于可切除的局限性肝癌且肝功能代偿良好（Child-Pugh A级），是否可进行肝移植，目前争议较大。欧洲专家支持首选肝移植，理由是肝切除的复发率高，符合Milan标准的肝移植患者的长期生存率和无瘤生存率显着优于肝切除患者。就某一患者而言，强调根据具体情况，综合评价分析，制定手术方案。此外，对于可切除的肝癌，即使影像学表现为局限性可切除肝癌，也应进行术前血管造影，因其可发现其他影像学手段无法发现的病灶，还可明确有无血管侵犯。