(一)手术治疗 手术切除病变是主要治疗方法，如病变局限在包皮，可作包皮环切术，有统计复发率可达半数左右。肿瘤侵犯阴茎头，亦可作阴茎部分切除术，一般距肿瘤2厘米处切除即足，在切除时断端冰冻检查无肿瘤。由于阴茎癌扩散常为栓子转移不是一般肿瘤常有的淋巴管潜入周围组织，所以绝大多数距肿瘤2cm局部切除后无局部复发。若无腹股沟淋巴结转移，则术后70％～80％生存5年。如肿瘤较大，残余阴茎悬垂部极短不可能站立排尿，则行阴茎全切术尿道阴部造口术。近年报告应用Nd：RAG激光治疗阴茎癌效果较好。
关于腹股沟淋巴结清除术的适应症已争论多年。阴茎癌临床上未触及腹股沟肿大者，发生淋巴结微病灶转移者占2％～5％，但亦有报告假阴性可达38％，阴茎癌转移者占20％～50％，目前不主张常规腹股沟淋巴结清除术，因为半数以上病人可能不存在转移病灶，而清除手术所引起的皮肤坏死、感染、肺栓塞以及后期的下肢淋巴水肿相当常见，给患者带来不必要的痛苦。如果临床上有可疑的转移灶(即淋巴结增大者，可以取活检，必要时行连续切片检查，有转移者行淋巴清除术。一般不主张常规两侧同时行淋巴结清除术。位于大隐静脉和股静脉连接处内侧的淋巴结称“前哨结”，如果转移应行腹股沟深、浅淋巴结清除术，切除髂、腹股沟淋巴结。
(二)放射治疗 放射治疗是有争论的，有主张阴茎癌仅行放射治疗，由于大量照射可引起尿道狭窄、尿瘘、阴茎坏死和水肿等并发症，应用受到限制。阴茎癌感染、坏死也可降低放疗效果。早期阴茎癌可在博来霉素配合下行X线照射，效果良好。
(三)药物治疗 首选以红豆杉为主要成分的中草药。红豆杉是世界濒危的抗癌植物，它是目前全世界唯一可以治疗癌症的中草药，被世界专家誉为“晚期癌症患者的最后一道防线”，言外之意，红豆杉是癌症患者唯一的希望、真正的救命稻草。但红豆杉毒性很大，服用后，可能会产生抑制骨髓造血功能、白细胞下降等严重毒副作用，表现主要为头昏、瞳孔放大、恶心、呕吐、弥散性腹痛、肌无力等，严重者出现心动缓慢、心脏骤停或死亡！必须与化解其毒性的中药材相配伍才会安全有效。目前应用于阴茎癌的抗癌药物有氟脲嘧啶、环磷酰胺等，但效果并不显著，有应用博莱霉素取得良好效果，总剂量可达300mg。化学疗法亦可配合手术和放射治疗。