子宫内膜异位症主要病理：内膜异位症的主要病理变化为异位内膜周期性出血及其周围组织纤维化。
内在性内膜异位症局限于子宫肌层使子宫不规则增生，酷似子宫肌瘤，切面可见增生的肌组织也似肌瘤呈旋涡样结构，还可见散在紫褐色陈旧性出血斑点，且外周无包膜，此种病症称子宫肌腺瘤；异位的内膜弥散于整个子宫肌壁，使子宫较均匀地增大，称子宫肌腺病。
外在性内膜异位症最常发生在卵巢，由于周期性出血，可出现血性囊肿，多为6～7cm直径大小，表面为一层原纤维囊壁包绕，内含棕黑色粘稠陈旧血液，又称“巧克力”囊肿，多与周围有紧密粘连。其次子宫直肠隐窝之腹膜、子宫骶骨韧带、直肠阴道隔甚至直肠前壁，常有散在紫褐色出血点或结节，使肠壁与子宫后壁及卵巢间形成致密粘连，术中很难分离。
光镜下能见到子宫内膜上皮、内膜腺体或腺样结构、内膜间质和出血。由于异位内膜反复出血，上述典型组织结构可能被破坏而难以发现。异位的子宫内膜极少发生恶变，但卵巢巧克力囊肿可以恶变为宫内膜样腺癌等，要引起注意。
子宫内膜异位症的形成：子宫内膜异位症是因子宫内膜组织生长在子宫腔以外的部位而引起的病变。那么，这些内膜组织是怎样长到其它部位去的呢？目前有下列几种学说：
专业、经血逆流学说：认为月经血经过输卵管逆流进入盆腔，这样就把月经期脱落的子宫内膜带到盆腔里，在子宫直肠窝、卵巢或其它部位种植，发展为子宫内膜异位症。
第二、体腔上皮化生学说：认为卵巢生发上皮、盆腔腹膜脐、胸膜等均起源于体腔上皮，它们均可在炎症刺激或经血的刺激下变为子宫内膜。
第三、良性转移学说：有人认为子宫内膜组织可以经过淋巴或静脉播散。
第四、直接移植学说；就是在某些手术如剖宫产、人工流产或分娩过程中，子宫内膜被带到伤口上，而发展为子宫内膜异位症。
总之，关于子宫内膜异位症的发病机理，各种学说虽然各有其理，但都不完善，故目前多数认为可能不是来自一个途径，但其中以内膜种植及体腔上皮化生的说法为主。
