1966-1995年间122篇英文文献的荟萃分析表明，CAP病原体中肺炎链球菌占65%。2006年日本呼吸学会（JRS）CAP指南指出，在住院治疗的CAP患者感染的病原体中，肺炎链球菌占24.6%~38.7%。而在欧洲住院CAP患者感染的病原体中肺炎链球菌占28.0%。近30年间，北美门诊CAP患者感染的病原体中肺炎链球菌占9%~22%，在住院CAP患者感染的病原体中占20%~60%，入住重症监护病房（ICU）CAP患者感染的病原体中占1/3左右。从这些数据可以看出,肺炎链球菌仍然是CAP最主要的病原体。
研究者对常规检测阴性的CAP患者采用经皮细针穿刺吸引法进行病原学检查后发现，65%可获得病原菌，其中32.8%为肺炎链球菌，表明在常规检测阴性的CAP患者感染的病原体中仍以肺炎链球菌最常见。由于国内微生物实验室建设大多比较滞后，临床医师不重视标本采集和运送不及时等原因，肺炎链球菌培养阳性率很低，但决不说明肺炎链球菌在CAP中的地位不重要。因此，国内外指南均发表了有关CAP经验性抗菌治疗的推荐意见，这些治疗意见都是基于肺炎链球菌是CAP最常见病原体的理论提出的。
但是在1989年和1996年，Marrie及Load分别报告，肺炎链球菌在加拿大和德国CAP的病原体中分别仅占8.0%和12.7%。Wester等的研究表明，按传统肺炎链球菌的生化鉴定技术不足以区分口咽部的其他链球菌。采用DNA探针技术鉴定常规检测的肺炎链球菌，结果有70%不是肺炎链球菌。这一结果很可能由于鉴定技术不可靠，因而高估了CAP中肺炎链球菌的比例及其耐药性。遗憾的是，在Wester之后，还没有进一步的研究资料来证实或否定这一结论。
自1992年以来，青霉素耐药的肺炎链球菌（PRSP）受到广泛关注。JRS指南指出，1997年时青霉素不敏感肺炎链球菌（PNSP，包括青霉素中介株）在CAP病原体中占30.9%，而到1998年时这一比例上升至40.6%。既往的临床试验表明，青霉素敏感的肺炎链球菌（PSSP）和PNSP导致的CAP在病死率上无显著差异。
2001年，美国胸科学会（ATS）指南称，PNSP仅在高水平耐药时[最小抑菌浓度（MIC）≥4 mg/L]才可能对患者预后产生不利影响。但新近的荟萃分析显示，在10项研究3430例肺炎链球菌菌血症的患者中，PSSP菌血症的病死率为15.7%，而PNSP的病死率为19.4%，两者相比具有显著差异。与PSSP相比，PNSP、青霉素中介肺炎链球菌（PISP）和PRSP的死亡相关危险度分别为1.31（95%CI：1.09~1.59）、1.34（95%CI：1.13~1.60）和1.29（95%CI：1.01~1.66）。6项校正了年龄、基础疾病、病情程度的分析表明，PNSP和PSSP相比，其死亡相对危险度为1.29（95%CI：1.04~1.59）。以上研究结果表明，临床上PNSP感染不容忽视，其相应治疗应参考药敏结果。
