本病的发病原因复杂，很多疾病或因素均可导致男性不育。根据精液检查的结果，可分类为无精子症、重度少精子症、少精子症、精子数正常性不育症、多精子症以及精子无力症等。
一般而言男性不育症的病因有：
1、男性性功能障碍勃起功能障碍、早泄、不射精和逆行射精皆可引起男性不育。
2、药物因素：各种激素类药物和癌症化学治疗药物如某些烷基化合物，常能导致暂时或永久的对精子生成的损害。
3、手术因素如尿道瓣膜手术、尿道梗阻施行的膀胱颈部切开术、腹膜后淋巴结清除术或较大的腹膜后手术，均可能引起逆行射精或射精障碍，导致不育。
4、不良的生活习惯和工作因素长期穿紧身裤、嗜烟和酗酒、接触有毒物质、频繁的热水浴、房事不当或过频、经常长途和过度劳累地骑自行车和放射线损害等。
5、其他纤毛滞动综合征，表现为病人在儿童时期就患有慢性呼吸道疾病，成年后其精子尾部纤毛异常，精子向前游动的能力弱。
6、染色体异常常见的有男性假两性畸形、Klinefelter综合征和XYY综合征，46XY/47XXY等染色体异常致睾丸生精障碍。
7、内分泌疾病下丘脑功能障碍，如Kallmann综合征，主要是促性腺激素释放激素缺乏；垂体功能障碍，如选择性黄体生成素（LH）缺陷症和尿促性素（FSH）缺陷症、高泌乳素血症等。肾上腺皮质增生症可抑制垂体分泌FSH、LH，导致不育。
8、生殖道感染如前列腺炎、附睾炎、睾丸炎、尿道炎，严重者影响男性的生育能力。
9、输精管道梗阻先天性和后天性的梗阻均可以影响精子的输送而致不育。
10、睾丸生精功能异常隐睾、小睾丸、无睾、病毒性睾丸炎、精索静脉曲张，毒素、磁场、高热和外伤等理化因素皆可引起睾丸生精障碍。
11、精子结构异常和精浆异常可影响精子的运动、获能和顶体反应等。
12、免疫性不育
男性自身产生的抗精子抗体，和女性产生的抗精子抗体，均可影响精子活力及对卵子的穿透力。
