环境生物学家们纷纷呼吁，保护自然界物种多样性迫在眉睫。每一种看似微不足道的生物的灭绝，都伴随着食物链上其他物种数量的失衡。爱德华·威尔逊说：“生态系统物种愈多，承担环境压力的能力就越强。”而生物学家马丁·布莱泽在《消失的微生物》一书中，提出一个更有趣的论调：拥有低基因拷贝（体内微生物种类少）的人抵御某些疾病的能力会变差。由此看来，人类和微生物的关系还真像自然界和万物的关系呢！
然而，我们非但没有像保护自然界万物一样设法保护微生物，还对它们颇有成见，仿佛它们是万病之源。过度使用洗手液、除菌剂，用广谱抗生素解决所有头疼脑热，包括在生命开端选择剖宫产和奶瓶喂养。殊不知，造物之奇妙远远超出想象：孕晚期的母亲早早在产道中酝酿大量乳酸杆菌，它们将是入主新生儿肠道的第一批有益菌；初乳中含有大量抵御有害细菌、病毒的抗体；母乳中之所以有婴儿无法消化的寡糖类物质、尿素，原来是为有益菌能够扎根准备的……即使是某些与疾病有关联的微生物，也非一无是处。譬如幽门螺杆菌携带者虽然得胃炎、胃溃疡可能性较高，却受益于其产生的调节性T细胞，不易患上哮喘或过敏症。
由是，微生物种群的日渐减少，并未带来理想中的洁净健康，反而埋下安全隐患。布莱泽说道：“我强调的不仅是耐药微生物泛滥导致的抗生素短缺，更是由于体内的微生物生态系统受到破坏，我们中数以百万的人对新的病原体更加敏感。”几例死于“超级细菌”的病例让我们担心将来更多无药可医的困境，越来越普遍的肥胖、哮喘、糖尿病、自闭症等疾病让人忧虑未来的生活质量。这一切难道应该归咎于抗生素的发明抑或剖宫产技术的成熟吗？
爱因斯坦早就因科学被滥用痛心疾首：“科学是一种强有力的工具。怎样用它、究竟给人带来幸福还是灾难，全取决于人类自己。”布莱泽也看到，利益驱使、贪图方便、独善其身这些人类自身的劣根性才最应当为微生物的消失负责。微生物消失的代价，自然也只能由全人类来承担。
科学研究的证据告诉我们，微生物是人类健康不可或缺的一部分，而且“微生物群系的变化早于身体组成的变化”，微生物在诊断、治疗、预防疾病的前景广阔。
