经过多年发展，肾结石手术治疗手段日趋成熟，绝大多数复杂性肾结石手术，均能够通过广泛剥离肾窦切开取石，手术损伤小。纵使个别需要做肾切开取石，术时阻断肾蒂血管，采用静脉注射肌苷或低温，可保护肾功能。加上改良了的无萎缩性肾切开取石术式的开展，效果良好。当然，个别双侧复杂性肾石，全身情况差，估计术后难以改善肾功能和维持生命，便不能贸然施行手术。
以手术治疗肾结石的优势是立竿见影，目前的微创手术所产生的创面也小于以往的手术方式。如医生能正确分析患者的身体状况，给出合适的手术方案，手术风险较低。缺点是手术治疗肾结石的术后结石复发率较高，身体机能也不可避免地受到较大影响。
手术治疗是治疗感染性肾结石的重要措施，应劝病人尽早手术，但手术治疗是有其适应症的，它包括：①反复发作肾绞痛，估量不能排出或不能融解的肾结石；小结石短期内未排出或直径0.8cm以下者，肾功能良好和无明显感染者，可采纳中西医结合内科治疗，但关于肾结石直径超过1cm者，非手术治疗则较难排出。②合并严重阻塞，严重感染危及肾实质；尿路感染与阻塞互为因果，结石在阻塞和感染的情况下增大迅速，几周内便可形成一鹿角形大结石。上述情况均应尽早手术取出结石，纠正阻塞，操控感染，有手术指征而延缓手术，术后结石复发率高，甚至失去肾功能。手术适应症还包括急性阻塞性无尿或少尿、无功能的脓肾、结石引起的癌变等情况。
手术的方式方法较多，主要有以下几种：
1、肾盂或肾窦切开取石术：多用于肾盂或肾盏内单个结石。优点是手术较简单，出血与并发症少。若是多发性小结石，可用凝块法取石，但仍有取不完结石的可能。对有肾盂输尿管连接处狭窄伴发肾结石者，在取石同时应行肾盂成形术，以解除梗阻，预防结石复发。
2、肾实质切开取石：适用肾内型肾盂较大的肾盂肾盏结石。肾实质的切口在肾的背面外侧缘内1.5cm的少血管Brodel白线上或该线内0.5cm，作放射状或呈弧形切开肾实质。为保护肾功能，常需在阻断肾蒂血管后进行局部降温。鹿角形结石或较大多个分散结石可行肾实质劈开取石，亦可做离体肾工作台取石术与髂窝肾移植术。此法虽有取完结石的优点，但手术复杂，创伤大，故应用不多。
3、肾部分切除术：多用于结石集中在肾上极或下极，或存在盏颈狭小，宜切除肾的一极，否则结石不易取完，术后易复发。
4、肾切除术：现在很少应用，仅在肾大量结石伴有严重感染、积脓或患肾功能丧失，或癌变而对侧肾正常时采用。
手术治疗肾结石有哪些原则？
现在一般肾结石行手术取石仅是少数，其手术指征也是相对性的，可归纳为：
①结石大于1cm，并存在肾盂输尿管交界处狭窄者（多为先天性畸形）；
②肾盂原性囊肿内结石，症状明显；
③孤立肾较大结石；
④结石诱发癌变；
⑤结石引起急性梗阻性少尿或无尿；
⑥并发感染脓肾毁损严重者；
⑦震波失败者。
