想要做好百日咳的预防就应当及时发现并且隔离病人。百日咳一般起病后隔离40天，或痉咳开始后30天；患者的痰、口鼻分泌物要进行消毒处理；要保护易感者，进行预防接种，注射白喉类毒素、百日咳菌苗、破伤风类毒素三联疫苗已列入常规预防接种计划之中；对于婴幼儿及体弱的接触者，可给予百日咳多价免疫球蛋白作被动免疫，还可用红霉素作药物预防。
生育年龄妇女血清中保护性抗体效价一般都不高，因此多数新生儿都未能获得被动免疫保护，故应尽早安排主动免疫。现在主张出生后2个月开始接种3次百日咳疫苗，每次间隔时间8周。第3剂后6-12月（大约15-18月龄时），再给第4剂，入托儿所前再予强化剂。6岁以上，百日咳疫苗现不做常规处置提出，但随着疫苗性能的改善，加之某些成年人患病时病情严重，可能需要对此再做考虑。
全细胞百日咳疫苗含有灭活百日咳杆菌以及明矾沉淀白喉和破伤风类毒素的悬液（DTP）（百白破）。免疫接种不能提供终生保护。接种者4年内接触约80%可以获得保护，而未免疫对照组类似接触时，80%-90%将患百日咳。百日咳疫苗的预防功效，在英国 1977-1979年和1982年的流行中，得到确切证明，这是疫苗接种率将至极低水平3-5年后发生的，结果上报的百日咳达170000例以上，包括 42例死亡，主要为5岁以下的幼儿。日本和瑞典也有过因为疫苗接种减少而发生类似爆发流行性事件。
注射全细胞百日咳疫苗后，常发生注射处疼痛和发热、高度激惹等反应。注射后急性脑病的发生率不详，但肯定是很少的，应用百白破疫苗是否会使患儿发生慢性神经系统功能失常的总风险增加，也在也尚未清楚。但有一点是很明显的，及百日咳免疫的神经系统并发症发生率，远远低于百日咳对幼儿的危害性。
温馨提示：由于百日咳杆菌对外界抵抗力较弱，无需消毒处理，但应保持室内通风，衣物在阳光下曝晒，对痰液及口鼻分泌物则应进行消毒处理。
