真菌性食管炎的病原菌以念珠菌最为多见，其中最常见的是白色念珠菌，其次是热带念珠菌和克鲁斯念珠菌。其他少见的有放线菌、毛霉菌、组织胞浆菌、曲霉菌、隐球菌以及一些植物真菌等，这些菌是从外环境中获得的，其所引起的原发性食管感染仅见于严重免疫低下的病人。
真菌性食管炎的症状有哪些？
主要症状为咽疼、吞咽疼和咽下困难。其症状的轻重与炎症发生的缓急和程度有关。可有厌食甚至呕血。婴儿常伴发鹅口疮，成年念珠菌性食管炎可以在没有念珠菌性口炎的情况下发生。
治疗方案 抗真菌素有多种，但国内外以制霉菌素应用最广，其有抑菌和杀菌的作用，它与真菌细胞膜的类固醇结合，改变膜的通透性，致成钾、钠、镁漏出，导致菌体缩小和细胞膜内氨基酸丢失以致死亡。制霉菌素肠道吸收很少，不会引起菌群失调。还有氟胞嘧啶（5-氟胞嘧啶）和咪唑衍生物如克霉唑也可治疗念珠菌感染。前者脱氨后渗入RNA，破坏菌体蛋白质合成，肠道吸收，副作用小。后者使真菌细胞质溶解，抑制其生长。常规治疗，一般持续10 天，若症状未完全消失尚可延长，通常治疗后症状可迅速改善，X 线及内镜下改变1 周左右即可完全恢复，不留后遗症。如有全身性真菌感染，可选用两性霉素B 静注，其副作用大，小心慎用，注意毒性反应。在治疗上尚应积极设法消除诱因，特别是合理应用抗生素和皮质激素。
预防预后：
1、正规抗真菌治疗常可取得良好效果，但对抗生素治疗原发感染的同时继发之真菌感染，临床颇难处理，治疗效果也常不佳。故应合理地应用抗生素和类固醇激素治疗。
2、因真菌感染所致的食管严重狭窄，外科处理时需慎重考虑。
预防：食管真菌的医源性感染在临床上并不罕见，广谱抗生素、H2 受体拮抗药、质子泵抑制剂均可破坏人体正常菌群间的生物平衡，导致真菌的过度增生及上皮感染。皮质类固醇激素以及其他免疫抑制药可引起机体免疫功能低下，导致食管和内脏的真菌感染。此外，硬皮病、贲门失弛缓症、食管癌也可因食管淤滞导致真菌的移生和感染。因此正确使用抗生素等药物是预防真菌性食管炎最有效的方法。
并发症状 并发症有食管狭窄、真菌团引起梗阻、上消化道出血、食管穿孔、食管-气管瘘、真菌扩散以及继发性细菌感染所致的败血症。
