肛瘘的形成是由于炎症存在、细菌感染、药物刺激，使得脓性物以及粪便通过肛管时，细菌就会不断的从内口钻入瘘管内，从而发生感染，导致恶性病变；但大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，长久腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。
为什么肛瘘的发作期如此缓慢？
1、由于肛门直肠周围组织间隙的抗病能力下降，时间久了就会成为病菌入侵、扩散、积聚繁殖的地方，使这里的组织容易感染发炎，而形成肛门直肠周围脓肿。
2、肛周脓肿为肛瘘的初发期，而肛瘘为肛周脓肿的慢性阶段，一般情况下，肛周脓肿若不早做治疗就会形成肛瘘，所以，在肛周脓肿发生的这个过程也是肛瘘的一个潜伏期。
3、肛隐窝、肛门瓣感染发炎。开始仅限于局部的炎症，这时若感染未能及时治疗，炎症即可向肛门周围蔓延。慢慢的形成肛瘘。
肛瘘的类型有哪些？
1、单纯性肛瘘
a、低位单纯性肛瘘：仅有一个瘘管，一个内口和一个外口之完全瘘。内口在齿线处，管道通过外括约肌浅部或浅部以下。
b、高位单纯性肛瘘：仅有一个瘘管，内口在齿线或齿线以上，管道行径在外括约肌深层以上，或穿行于直肠粘膜下，而不穿过肌肉者（包括内盲瘘及全内瘘）。
2、复杂性肛瘘
a、低位复杂性肛瘘：内口在齿线处，管道在外括约肌深层以下，并有支管和空腔，外口和管道两个或两个以上（包括多发性瘘和无高位内口的高位空腔）。
b、高位复杂性肛瘘：有两个以上管道或支管和空腔，其主管道通过外括约肌深层以上或穿过直肠环，有一个或两个以上内口，内口在直肠环以上者。根据病变侵犯肛门直肠范围大小，亦和低位复杂性肛瘘一样，可再分为三度。
3、马蹄形肛瘘：瘘管环行，外口在肛门部两侧，内口多在截石位6点或12点处。
a、前位马蹄形肛瘘：瘘管环行，外口在肛门前方两侧扩散到会阴及阴道瘘，外口若在肛缘2.5cm以内，内口就在对侧。若在2.5cm以上者，内口可能在后侧。
b、后位马蹄形肛瘘：瘘管环行，管道向肛门后两侧扩散，距肛缘较远较深，有多数外口，多数瘘管管腔相互贯通，内口大多在肛门后侧。
c、前后位马蹄形肛瘘：瘘管环行围绕肛管，外口肛周一圈都有，少则几个，多则几十个，大面积被侵犯，管道行径复杂。
因肛瘘是一种由内而外发展的疾病，保守治疗根本不能得到治愈，只能起到暂缓的作用，只有通过手术才能达到治愈的目的。
