如病人有出现眼睑红肿，睑结膜充血，乳头滤泡增生，球结膜周边性充血，有时水肿及结膜下出血，结膜囊内有分泌物时，要确定病源需作分泌物涂片进行细菌和细胞学检查。
操作方式为，进行结膜上皮刮片及分泌物涂片或培养检查细菌、真菌、分离病毒等，并做药物敏感试验。如果是有刺激症状的患者，可以用荧光素染色检查角膜。
对于慢性结膜炎的诊断时，还需要考虑有无屈光不正、烟酒过度、睡眠不足或长期暴露于风沙、烟尘等病史。同时检查附近组织有无慢性炎症，如慢性泪囊炎等。
对于过敏性结膜炎的检查，首先要确定过敏源。部分人群的症状有季节性，比如多发病于草收割或花开季节，一旦接触，将快速发病；有些人群在接触某些药物时，出现奇痒，或睑结膜充血的情况；有些患者是在全身用药时，出现睑结膜充血、淲泡，球结膜水泡等症状。由于过敏源非常多，所以现在也不能进行所有过敏源的检测，不过可以按上述症状的情况进行一些特别的筛查。
检查诊断结膜结石的依据：
1、有或无异物感；
2、睑结膜出现境界清楚的黄白色点状物。
其实，虽然称为结石，但结膜结石与肾结石、胆囊结石这些真正意义上的结石是不一样的。“有些人一听说自己眼睛长了结石就紧张了，以为是大病要开刀动手术。实际上眼结石只是眼睛的小毛病，没有或极少钙质沉着，因此并非真正的结石。”为了减少人们对眼结石的恐慌，医学界一度想将它易名为“结膜凝集物”，但大多数人还是依传统习惯称之为眼结石。 当眼结石只是个小颗粒，埋在结膜下边，没有突出到结膜表面之外，患者本身不会感觉到结石的存在，也可以暂时不管它。等它“冒”出头后，会对眼睑形成刺激，甚至使角膜擦伤，使人感觉眼睛有异物、刺痛，就可以上医院把它挑掉。挑眼结石也只是个小操作，在门诊就可进行，无需住院。操作很简单，先滴眼药水进行表面麻醉，给患者清洗眼睛，再用针头把结膜块挑出来。 不过有些病人在取出结石后，还可能继续长出新的结石，张结枝的情况就是如此。“因为眼结石往往是由眼睛炎症引起的，在炎症没有消除的时候，只对症将结石剔除了，病源没断，下次还可能再发，就像脸上长粉刺一样。”眼结石再生长出来，有症状时还需要继续治疗，以防磨伤角膜。经常地剔除眼结石尽管没有致盲的危险，但是也是件极为麻烦的事情。因此患者要想根治，必须要将真正病因找出，如张结枝先要确诊自己的结石是否由慢性角膜炎引起，然后再治疗炎症。炎症消失，眼结石就无以为继了。
