随着医学的发展，国内外学者逐渐认识到开放疗法忽略了开放治愈与保持肛门功能之间的矛盾关系，因此对高位复杂性肛瘘须保存肛门括约功能的手术，越来越重视。主要有以下手术方法。
1、内口缝合药物脱管法
按肛瘘术前常规准备，在腰麻下。充分暴露内口位置，以内口为中心作一纵行或椭圆形切开，显露原发灶，用小刮匙搔刮灶内炎症性及坏死组织，彻底清除感染的肛窦、肛腺、肛腺导管和肌间病变组织。然后用0号肠线间断缝合创口下方的内括约肌。充分封锁瘘道内侧端。再将内口上方宜肠粘膜剥离下拉。覆盖内口，用1号丝线将粘膜瓣与肛管皮肤缝合数，以加强内口封闭覆盖，使肠腔内容物无隙可入。接着用小刮匙从外口伸入主瘘道或死腔，搔刮腔内组织。最后分别从主支管插入细管灌注脱管药物，让管道分着药后抽出，注入药物，或者根据管道大小及深浅选择适当的药捻经外口插入管道，外端留0.5cm长捻，以便更换时取出。将凡士林纱布置于肛内，覆盖内口，包扎固定。
2、内口封闭管道引流法
按术前常规处置准备，充分暴露内口。如内口与原发灶在后方的肛瘘，则由肛门后括约肌三角入路，直接清除原发灶、主管道及内口，用剥离下拉的内口下缘的直肠粘膜覆盖内口，然后将清除后的主管缝合，闭锁管道，同时切除或搔刮外口与支管，用组织充填创腔与窦道。而内口与原发灶在侧位或前位的肛瘘除由原发灶所处部位的肛管外缘切皮入路外，其它同上法，内口外敷凡士林纱条，包扎固定。
3、旷置加切开或挂线术（开窗术）
按常规术前处置准备，找到内口，然后在复杂性肛瘘主管紧靠肛门缘处开一窗，即造一口，以隔断此窗以外的管道或空腔感染源。开窗直径不小于1cm，以充分引流为原则。肛缘处的主管不切开旷置，对管腔进行搔刮，清除感染病灶，剪除外口增生组织，在支管与窦道开窗处，挂入橡皮筋呈松弛状态。开窗可不止一个，再根据术前对瘘管分泌物的细菌培养和药敏试验，选用敏感药液进行冲洗。对开窗与内口之间的管道进行切开，至齿线向上延长0.5cm;对肛缘齿线这段敞开的管道作充分扩创，彻底清除感染的肛隐窝；对波及括约肌深层和耻骨直肠肌的管道及齿线上方肌间管道挂橡皮筋，视病情决定松紧度。内外敷凡士林纱条。包扎固定。
4、肛瘘手术的注意点：
（1）单纯性低位肛瘘，此类肛瘘较为常见，内口多与外口相对应，切口应呈放射状。
（2）高位肛瘘管道穿越外括约肌深层以上，切口选择同上，切口应视直肠环是否纤维化；若已纤维化可切开引流。无纤维化者，高位管道部分给予挂线，以防肛门失禁。
（3）马蹄型肛瘘，此类肛瘘病变范围广，管道深且弯曲，穿越肛尾韧带的上方，宜采用弧行切口，主管道作放射状切口引流。高位管道处理原则同高位肛瘘。
5、肛瘘手术的切口处理：
（1）弧形切口应距离肛缘1.5cm以上，防止愈合后环形瘢痕影响肛门功能。
（2）外管道切口应与外括约肌垂直，不宜作斜形切口，以免引流不畅，影响创口愈合。
