由于藿香正气水具有解表化湿、理气和中的作用，所以，一般多用它治疗因外感风寒、内伤湿滞所导致的霍乱吐泻、发热恶寒、头痛身重、胸膈满闷及脘腹疼痛等症。其实藿香正气在治疗皮肤病方面效果也很明显。
小儿痱子，取藿香正气水1支按比例加凉开水或生理盐水稀释，稀释浓度为：不满3个月者，药液与水比例为1：3；4个月~12个月者，药液与水比例为1：2；超过1岁者，药液与水比例1：1。用药之前先用温水将局部洗净擦干，然后用消毒药棉蘸稀释后的药液涂擦患处，每日2~3次。
蚊虫叮咬，夏日若被蚊虫叮咬，可用藿香正气水外涂患处，半小时左右可减轻或消除瘙痒感。
疖，中医一般分为暑疖和多发性疖病，认为是内郁湿热、血热或外受风热暑邪而成，现代医学认为是葡萄球菌感染所致。而藿香正气水方中的紫苏等成分有抑制葡萄球菌的作用，方中藿香芳香化湿；白芷发表、祛风、胜湿，故能散郁除湿治疗疖及疖病。用法是用棉签蘸藿香正气水一日多次涂擦患部。
慢性荨麻疹，口服藿香正气水10毫升，每日3次，连服2周为1疗程。若伴有喉头水肿、休克、发热者，近2周来曾用过皮质激素治疗者以及阴虚火旺者不宜采用此方法。
白癜风，藿香正气水有芳香通窍，促使气行的作用。气为血帅，气行则血行，血行则瘀散。用法：每日用净布蘸藿香正气水涂擦患部，微微用力，反复蘸擦至皮肤微红为度，1日2次。
外阴瘙痒，可将藿香正气水用凉开水稀释50倍后清洗外阴（男女皆可用），洗后不但瘙痒等症状缓解或消失，而且局部有清爽感。
湿疹，每日用温水清洗患处后，直接用藿香正气水外涂患处，每天3~5次，连用3~5天。
足癣，将患足用温水洗净擦干，将藿香正气水涂于足趾间及其他患处，早晚各涂1次，治疗期间最好穿透气性好的棉袜、布鞋，保持足部干燥，5天为1个疗程，一般1~2个疗程即可见效。
另外也要提醒大家：不宜在服药期间同时服用滋补性中成药，有高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者、孕妇或正在接受其他治疗的患者，均应在医师指导下服用。
