第一，卵巢囊肿属于卵巢肿瘤的一种，其引起不孕的机制与干扰排卵功能有关。若囊肿较小，不影响卵巢排卵，就不会影响怀孕。若囊肿占据了整个卵巢，且分泌一些激素，影响到排卵，对怀孕就会有一定影响。
第二，某些含有内分泌功能的卵巢囊肿，如卵巢甲状腺瘤、卵巢颗粒—卵泡膜细胞瘤、睾丸母细胞瘤等，可因其所含肿瘤组织成分不同而产生某些相应激素，从而干扰了卵巢激素的正常分泌和排卵，出现闭经，子宫出血，多毛和不孕等症状。一些卵巢的恶性或巨大肿瘤，使大部分卵巢组织破坏，可出现卵巢功能失调、不排卵、与周围组织粘连、阻塞输卵管等情况，均可造成不孕症。
第三，当卵巢囊肿出现急慢性扭转、破裂时，影响卵巢血运和引起坏死，继而出现卵巢功能障碍和不排卵，如果为双侧性，则影响更大。如果卵巢囊肿生长过快过大时，可以影响卵巢的血运和排卵，从而影响受孕情况，也会引起女性不孕的发生。
即使卵巢囊肿患者怀孕了也是有一定危险性的，卵巢囊肿患者怀孕头三个月内进行处理时，容易引起流产。妊娠28周以后进行处理时，手术操作又易引起早产。而在妊娠末期，囊肿则妨碍分娩的顺利进行。
卵巢是女性孕育生命的起源，无论是哪种卵巢疾病，都会对受孕有一定的影响，对于疾病一定要做到早发现，早治疗，以免影响生育造成遗憾。
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