对于细菌性前列腺炎，抗生素治疗显然是必要且有效的。由于患慢性细菌性前列腺炎时，多种抗生素难以弥散到前列腺组织内的感染病灶而达到杀菌作用，医生大多选用长疗程足量有效的抗生素进行治疗。对于发作期间有症状的患者用药可以长达12周，对于发作期间无症状的患者一般6周左右就可以了。对于反复发作的患者，预防性的应用抗生素也是有必要的。
对于慢性非细菌性前列腺炎的患者，由于可能感染某些难以培养或鉴别的病原体，给予2～4周的抗生素治疗同样是必要的。如果症状改善，则可以再应用2～4周 ;而如果效果不明显，则需要重新调整治疗方案。应用抗生素治疗慢性非细菌性前列腺炎疗程一般不超过8周，长时间应用抗生素不仅不能够杀灭耐药的残存病原体，还可能导致菌群失调甚至二重感染。
首选的抗感染药物是三代喹诺酮类药物，如左旋氧氟沙星、诺氟沙星、依诺沙星等。这一类的药物具有脂溶性，在前列腺内可以达到较高的药物浓度，同时抗菌谱较广，对于大肠杆菌、变形杆菌、葡萄球菌等都具有良好的杀灭作用。磺胺类药物，如复方磺胺甲噁唑(SMZ-CO)是一类传统的治疗慢性细菌性前列腺炎的药物。此类药物在前列腺内浓度较高，具有较好的抑菌或杀菌作用，价格也比较便宜，容易为广大患者所接受。但由于其毒性和副作用，临床上更偏重使用喹诺酮类药物。另外，临床上也常使用大环内酯类药物，如用红霉素、阿齐霉素、米诺环素、克拉霉素等治疗部分可能感染衣原体、支原体的慢性非细菌性前列腺炎患者。
需要强调的是，慢性前列腺炎的患者单纯应用抗感染治疗不一定能取得明显的效果，抗生素往往需要联合应用其他药物来发挥治疗作用。但慢性前列腺炎的患者严格地按照医生建议的抗生素用药方案治疗是非常必要且重要的，无规律地应用抗生素治疗终将导致病原体的耐药，使得以后的治疗越发困难。
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