正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。
这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
卵巢巧克力囊肿，又称卵巢内膜异位囊肿，是因子宫内膜“飘洋过海”，“移民”到卵巢内引发的一种疾病，它是子宫内膜异位症中最常见的一类，与肿瘤性质的卵巢囊肿有本质的区别。子宫内膜“移民”到卵巢内后，仍受卵巢性激素的周期性影响。当月经来潮时，“侨居”卵巢内的异位内膜也会发生“月经”样出血，“经血”无法排出体外，只得潴留在卵巢内。脱落于“经血”中的异位内膜像种子一样，继续种植于卵巢内，就是如此周而复始的循环，月复一月，年复一年，潴留于卵巢内的“经血”越积越多，就形成了由小到大的囊包，医学上称为“卵巢内膜异位囊肿”，由于囊肿内的血是长期潴留的陈旧血，外观呈巧克力糊状，故又称为“卵巢巧克力囊肿”。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
巧克力囊肿是妇科病中最复杂的病，是患病女性挥之不去的梦魇，它是最不易治疗的良性肿瘤。它到处粘连，四处流窜，治疗之后又很容易复发，缠绵难愈。无论是保守手术还是药物治疗，效果均不理想，而根治手术又不适合想要生小孩的女性。据了解，巧克力囊肿已经成为现代女性的多发病，它在大龄未生育的女性中并不少见，有人甚至认为它很可能成为这个世纪最为严重的妇女疾病之一。 因此用药品等方法治愈卵巢巧克力囊肿的重任历史性的落在祖国传统医学的身上。具不完全统计，一个省级三甲医院每天都有几台卵巢巧克力囊肿切除术，全国有多少这类的医院？每年要切掉多少女士的卵巢，子宫外科手术的确治愈了很多患者，但同时也切出了多少人间悲剧！
巧克力囊肿除了让女性在每个经期痛苦万分之外，引起的最大麻烦就是不孕。因为它会伤害到体内的组织，如果在肠胃附近，就会造成腹泻肠胃疼痛；如果是在卵巢，就会影响到卵巢、输卵管功能，造成不孕。严重的巧克力囊肿甚至从根本上颠覆女性做母亲的天职。
巧克力囊肿三大早期症状
早期症状一：不正常的经痛。痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。
早期症状二：性变疼痛。这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血。
早期症状三：没有避孕也不会怀孕。在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。
在很多子宫内膜异位是B超也不一定查得出来的。医生有时可能通过内诊接触到异物，但最准确的方法还是腹腔镜的检查。用腹腔镜检查时可以顺带做处理，加上术后的药物治疗常可以痊愈。由于一般的体检往往不能查出子宫内膜异位，所以更要提高警惕。
巧克力囊肿为什么复发率高
根据一项报告指出复发的机会要3年内是14％，到3、5年之后，复发的机会已升到了40％。这又是为什么呢？在做手术的一般医生都想把子宫内膜异位症切除，就是把它烧灼了，可是为什么又会有那么多的复发病症呢。所谓复发一个原因可能是体内另外新生长的子宫内膜异位症；另一个可能是在手术时并没有发现非典型的子宫内膜异位症，或者是显微的子宫内膜异位症，在不孕的病人之中，55％有这种非典型的子宫内膜异位症，如果没有发现非典型的子宫内膜异位症或显微的子宫内膜异位症，那么手术就不可能做的完整，结果是手术后会继续产生疼痛和不孕。这可能是手术没有完全消化子宫内膜异位症而产生了更多和更活跃的前列腺素而导致疾病的复发。
卵巢巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。当囊腔内积血过多、压力过高时，可撑破囊壁薄弱部分，发生囊肿自发性破裂，囊内流出部分积血，压力降低后，囊壁破口常可自行愈合。经过若干时间后，囊内积血再次增多、压力再次增大时，又可发生自发性破裂。囊肿破裂后流至盆腔内的积血，刺激腹膜，引起剧烈腹痛，并可造成盆腔器官的粘连。卵巢巧克力囊肿可以在没有诱因情况下自发破裂，粗暴或剧烈的性生活，尤其是经前期性生活，常是常见的导致囊肿破裂的重要诱因。
较小的卵巢巧克力囊肿，通常不易发生破裂。卵巢巧克力囊肿的药物治疗效果差，难以消除巧克力囊肿，当囊肿增大到3厘米以上，自发破裂的风险开始出现，并逐渐增加，它长到一定大小，自发破裂常难以避免。因此，它的确是藏在盆腔内的“炸弹”，说不定何时会发生“爆炸”。
由于卵巢巧克力囊肿破裂流至盆腔内的是陈旧积血，并非大量新鲜出血，除腹痛外，通常不会影响生命体征，不会出现休克。有人认为，既然不会危及生命，能否采取不手术的保守治疗，使患者免受手术之苦。其实不然，保守治疗后，囊壁破口愈合了，症状消失了，但不久又有可能发生自发破裂。如此反复发作、受苦，且发作次数越多，引起的盆腔粘连越重，盆腔粘连引起的腹痛等症状，更会使她“雪上加霜”，苦不堪言。
因此确诊为卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效，这对防止卵巢巧克力囊肿的复发有着重要意义。
