虽然已经确诊的克罗恩病的自发性缓解或通过内科治疗可长期无症状，但它很少被治愈，相反具有周期性恶化的特征。如果未实行手术，病变不会超出其第一次诊断时的初始分布而向小肠新的部位扩展。经过明智的内科治疗以及适当的外科治疗，大多数克罗恩病患者能很好地活动和成功地适应生活。疾病相关的死亡率很低，而且持续下降。
胃肠道肿瘤，包括结肠和小肠肿瘤，是引起克罗恩病相关性死亡的最主要的原因。长期患小肠克罗恩病的患者发生小肠癌的危险性增高，这种肠癌可发生于病变连续的肠道，也可发生于旁路肠袢。而且，结肠克罗恩病患者有发生结肠直肠癌的长期危险性；若病变范围和病程相同，其发生结肠直肠癌的危险性与溃疡性结肠炎相同。
约70%克罗恩病患者最终需行手术治疗。而且，即使切除所有临床上明显的病损，克罗恩病还可能复发。
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