对绝大多数单纯眼皮跳的人来说，最多见的原因是用眼过度或劳累、精神过度紧张，比如用电脑时间过长、在强光或弱光下用眼太久、考试前精神压力过大等。此外，眼睛屈光不正、近视、远视或散光，眼内异物、倒睫、结膜炎、角膜炎等也可导致眼皮跳。
人的眼皮内有两种肌肉，一种叫眼轮匝肌，形状像车轮，环绕着眼睛，当它收缩时，眼皮就会闭合，这种眼轮匝肌受面部神经的支配。而另一种眼皮肌肉叫提上睑肌，当它收缩时，眼皮就会睁开，这种肌肉受动眼神经的支配。在眼皮的这两种肌肉组织中，眼轮匝肌对保护眼球有很重要的作用，它能通过不断的闭合对角膜进行润滑和清洗，并对任何外来刺激作出保护性反应。
引发眼皮跳的疾病，很多引起病理性眼皮跳的原因众多。常见的包括：倒睫、结膜炎、角膜炎、眼外伤、脑炎、脑血管疾病等；不太常见的包括：贝尔麻痹（单纯性周围面神经麻痹）、肌肉张力障碍、痉挛性斜颈、多发性抽动症等， 甚至有部分患者是与遗传因素有关。
另外，一些脑部肿瘤或动脉硬化都有可能对面部神经带来刺激，引起眼部及面部的激烈反应。所以，从某种意义上说，眼皮跳也是人体健康或心理状况的报警器，特别是长期的眼皮跳一定要警惕脑内是否有病变。
大多数人只是局限于上眼皮或下眼皮的跳动，但有的人会逐渐发展为上下眼皮的不停抽动。支配眼皮肌肉的面部神经在传导通路上的任何部位受到刺激，均可导致眼皮的跳动，神经受到刺激的部位不同，眼皮跳动的部位、跳动的范围及程度也不同。
如果刺激因素仅局限于支配眼轮匝肌的神经末梢，也就是眼皮附近，那么所表现出来的症状就是单纯的上眼皮或下眼皮跳。如果受刺激部位在脑腔内的面部神经主干部位，那么跳动范围会累及整个上下眼皮，最直观的表现就是不由自主地不停眨眼，医学上称之为“眼睑痉挛”。
如果眼皮跳一直持续，没有一丝消停的意思，那就可要当心了。这种类型的眼皮跳，大多是病理性的，可能是额面、头颅内或全身性疾病的一种临床症状，属于众多躯体症状的一种。如果发生眼皮跳却不能自行缓解，甚至持续加重引起同侧面部震颤或抽动时，便应及时就诊，向医生告知相应情况以便进一步诊治。
