上海肺科医院（上海市职业病医院）、同济大学附属上海市肺科医院创建于1933年，首任院长为著名医学专家、国立上海医学院院长颜福庆教授。建院七十多年来，通过几代人的不懈努力，已经形成为一所集医疗、教学与科研为一体的现代化的三级甲等专科医院，主要诊疗特色为呼吸系统领域常见病、多发病和疑难危重疾病及其它相关疾病的诊断和治疗。
上海肺科医院占地面积10.3万平方米，建筑面积近7万平方米，拥有设施先进的门急诊综合楼、病房大楼和医技综合楼。作为上海市“花园单位”，绿化面积达70%，院内绿树成荫，芳草如茵，已有近一个世纪的叶家花园更是碧水环绕于绿荫，亭阁相映于花丛，为病人的治疗和修养提供了一个优美和舒适的环境。
上海肺科医院核定床位数825张，设有胸外、肿瘤、呼吸、结核、心内、肺循环及职业尘肺等专业的16个临床科室，设有医学影像、检验、病理、核医学等9个医技科室，医院还有1个上海市重点实验室、1个校级研究所及9个院级实验室和研究室。至2008年6月，全院900余职工中，专业技术人员占77%，副教授和副主任医师等高级职称者70余人，有硕士生和博士生导师18人。
上海肺科医院除在总院开设普通门诊、专家门诊和特需门诊外，为更好和更方便的为广大病人服务，还在本市延庆路另开设一门诊部。2007年，全院每年门急诊就诊病人20余万人次，手术病人2千余例，住院病人2万余人次，其中40%左右是全国各地慕名前来的就诊患者。
上海肺科医院拥有先进的医疗设备，包括X线电子计算机断层扫描装置（CT）、数字减影血管造影X线机（DSA）、医用电子直线加速器（LA）、医用磁共振成像设备（MRI）、单光子发射型电子计算机断层扫描仪（SPECT）、数字化X线摄影系统（双板DR）、电子超声支气管镜、电子胸腔镜、肺功能（体容积）仪、全自动微生物分析系统、全自动生化分析仪、彩色多普勒超声诊断仪等等。
七十多年来，先后形成普胸外科、肺部肿瘤、呼吸系统常见病和疑难危重疾病、肺结核及职业病等特色学科和专业，目前拥有上海市重点学科1个，院级重点学科4个。创建于1953年的胸外科，目前为上海市临床医学重点学科，至今已实施各类手术3万余例，以开展肺癌、肺部良性疾病、纵隔肿瘤、食管癌等为主的手术。在微创手术、纵隔肿瘤手术、人工气管手术、应用镍钛记忆合金支架治疗气管狭窄等方面，均为国内最先开展或居国内领先水平。1996年，该科率先在国内开展肺减容术治疗重度阻塞性肺气肿，在手术的规范性和手术效果等方面居国内领先水平。2002年和2006年，分别成功实施了亚洲首例老年肺移植手术和亚洲首例同种异体再次肺移植手术。在肺移植手术领域，是国内开展该手术成功率最高的医院。目前，实施肺移植的成效率和成活病例数均居国内第一，处于国内和亚洲先进水平。
在肺癌治疗领域， 二十世纪六十年代末即开展肺部肿瘤的诊断与治疗，是国内较早开展肺癌临床治疗与基础研究的单位之一，也是较早开展肺癌多学科综合治疗的单位之一。通过手术、化疗、放疗、热疗及基因治疗等手段和方法，目前在肺癌治疗的有效率和长期生存率等方面均达到国内先进水平，在运用电视胸腔镜微创手术治疗肺癌及个体化药物治疗研究领域还获得了上海市科委重大攻关计划的支持。同时，紧跟世界先进水平，积极开展对肺癌的生物靶向治疗的基础研究和临床应用。作为国家肺部肿瘤药物临床药理研究基地，大量的抗肿瘤药物临床试验在这里开展，使许多患者能够及时得到最新研制出来药物的治疗。目前，上海市肺科医院为同济大学医学院肿瘤研究所所长单位。
除肺部肿瘤诊疗和研究外，医院在包括间质性肺疾病、结节病、难治性哮喘、慢性阻塞性肺疾病、下呼吸道难治性感染、肺栓塞等疑难肺部疾病的临床诊治和研究方面也位居国内先进水平。同时，作为国内最早的结核病预防、治疗和研究机构，已有70 余年的丰富诊疗经验，也是国家的领先学科，拥有一批本市乃至全国的知名专家，在结核病的诊断治疗方面，尤其是难治性肺结核病和耐多药结核诊治领域，处于国内先进水平。
作为本市唯一一家具有尘肺病诊断资质的三级甲等医院，在职业病诊断鉴定、治疗抢救、鉴别诊断、职业病致残程度医疗检查、职业性健康监护等方面走在全国的前列，已成为上海职业尘肺核化学中毒诊断治疗的权威性机构。同时，医院还是上海市核辐射和化学中毒救治中心，承担本市该类公共卫生突发事件的现场指导和抢救任务。
在完成大量医疗任务的同时，医院还承担着繁重的科研与教学工作。七十多年来，医院分别获得过数十项国家级、省部级和局级各类科研成果和进步奖项。2006至2007年，医院又分别获得教育部高等学校科技进步二等奖、上海市科技进步二等奖、上海市临床医疗成果二等奖和上海市医学科技三等奖等多项科研奖项；分别获得国家863攻关项目、国家自然科学基金项目及多项市级医院新兴前沿技术联合攻关项目和市级医院适宜技术联合开发推广项目；分别获得30多项市、局级科研课题。
上海肺科医院在1959年就被国家卫生部指定为全国肺科和胸外科进修基地，每年接受近百名来自全国各地医师的进修和培训。同时，每年还举办10多项国家级继续教育项目。作为同济大学附属医院，每年还承担着本科生和研究生的带教和授课工作。
为保持医院的持续发展，提升医院的整体实力，医院不断加强与国外的合作与交流，已分别与美国、欧洲和日本等国家的大学和医院建立定向合作和结为友好医院，每年双方定期进行学术交流和人员进修及讲学。
